More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0087 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  74.52 
 
 
611 aa  897    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  82.19 
 
 
623 aa  988    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  76.72 
 
 
613 aa  919    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  86.2 
 
 
627 aa  993    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.34 
 
 
623 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  76.86 
 
 
618 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
624 aa  1251    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  74.72 
 
 
615 aa  911    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.4 
 
 
628 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.76 
 
 
626 aa  632  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.66 
 
 
622 aa  619  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.81 
 
 
605 aa  618  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.21 
 
 
605 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.88 
 
 
602 aa  604  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54 
 
 
631 aa  602  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.02 
 
 
602 aa  601  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.31 
 
 
600 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.44 
 
 
651 aa  588  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.34 
 
 
634 aa  588  1e-167  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.2 
 
 
628 aa  591  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.24 
 
 
626 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.7 
 
 
625 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.92 
 
 
623 aa  578  1e-164  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.08 
 
 
625 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  73.25 
 
 
605 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  70.18 
 
 
637 aa  546  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.64 
 
 
659 aa  523  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.25 
 
 
580 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.75 
 
 
582 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.33 
 
 
582 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.01 
 
 
608 aa  507  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.91 
 
 
587 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.42 
 
 
584 aa  488  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.65 
 
 
592 aa  488  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.87 
 
 
614 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.7 
 
 
606 aa  468  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.56 
 
 
632 aa  437  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0055  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.05 
 
 
582 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0628794  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.98 
 
 
687 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.52 
 
 
565 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
573 aa  368  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.68 
 
 
533 aa  336  9e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  42.52 
 
 
605 aa  320  5e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.32 
 
 
505 aa  320  6e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  40.05 
 
 
491 aa  318  2e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.61 
 
 
681 aa  308  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.83 
 
 
698 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  40.35 
 
 
582 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.59 
 
 
911 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43 
 
 
551 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 
955 aa  302  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.65 
 
 
1113 aa  298  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.42 
 
 
579 aa  296  8e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.09 
 
 
948 aa  295  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.53 
 
 
637 aa  295  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  36.58 
 
 
579 aa  293  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.71 
 
 
691 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.8 
 
 
921 aa  292  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.23 
 
 
553 aa  291  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.55 
 
 
692 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.96 
 
 
579 aa  290  8e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
692 aa  289  9e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.75 
 
 
582 aa  289  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  39.81 
 
 
1002 aa  288  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40 
 
 
694 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.53 
 
 
687 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.92 
 
 
1040 aa  289  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.53 
 
 
689 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.09 
 
 
1071 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.09 
 
 
1045 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.82 
 
 
939 aa  288  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.43 
 
 
681 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.63 
 
 
957 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.99 
 
 
690 aa  287  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.38 
 
 
614 aa  286  5e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.56 
 
 
582 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.49 
 
 
701 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.4 
 
 
743 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.53 
 
 
736 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.25 
 
 
696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.62 
 
 
723 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.17 
 
 
587 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.22 
 
 
601 aa  283  5.000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  34.89 
 
 
537 aa  283  6.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  42.93 
 
 
529 aa  283  8.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.58 
 
 
751 aa  283  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.44 
 
 
606 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.55 
 
 
1137 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.14 
 
 
795 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.49 
 
 
553 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  42.12 
 
 
648 aa  282  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.55 
 
 
1115 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3695  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.14 
 
 
601 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3778  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.14 
 
 
601 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131326  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.96 
 
 
558 aa  280  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  43.37 
 
 
909 aa  280  8e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.97 
 
 
605 aa  279  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.92 
 
 
649 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.02 
 
 
1137 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2361  DNA-directed DNA polymerase  43.96 
 
 
957 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832917  normal  0.216131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>