More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1271 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  100 
 
 
392 aa  796    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  58.35 
 
 
383 aa  459  9.999999999999999e-129  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  37.24 
 
 
394 aa  232  9e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 
385 aa  226  6e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.15 
 
 
381 aa  225  1e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  38.66 
 
 
378 aa  223  6e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.11 
 
 
378 aa  218  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  35.97 
 
 
385 aa  202  8e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  38.13 
 
 
396 aa  201  3e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  35.04 
 
 
387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  35.88 
 
 
394 aa  181  2.9999999999999997e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  35.97 
 
 
380 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  35.53 
 
 
392 aa  179  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 
393 aa  172  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.16 
 
 
386 aa  169  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  33.17 
 
 
395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.18 
 
 
385 aa  164  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  32.66 
 
 
390 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  29.97 
 
 
394 aa  159  8e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  30.33 
 
 
390 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.92 
 
 
390 aa  157  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  32.49 
 
 
389 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  30.42 
 
 
412 aa  153  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  30.9 
 
 
401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  29.14 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.85 
 
 
406 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  30.48 
 
 
402 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  30.48 
 
 
402 aa  144  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  30.48 
 
 
402 aa  142  8e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  31.32 
 
 
404 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.15 
 
 
431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  31.72 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.92 
 
 
442 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  36.11 
 
 
418 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  36.02 
 
 
414 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.23 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.57 
 
 
330 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.95 
 
 
427 aa  113  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.2 
 
 
335 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.15 
 
 
424 aa  106  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.62 
 
 
383 aa  100  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.09 
 
 
320 aa  99.4  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.4 
 
 
343 aa  97.4  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.43 
 
 
323 aa  97.1  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.8 
 
 
324 aa  95.9  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.08 
 
 
329 aa  95.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.29 
 
 
332 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 
318 aa  90.9  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  33.82 
 
 
298 aa  90.5  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.36 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.45 
 
 
358 aa  87.8  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  33.33 
 
 
807 aa  85.1  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  26.99 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.1 
 
 
320 aa  84  0.000000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf158  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.69 
 
 
647 aa  84  0.000000000000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  31.35 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4930  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.57 
 
 
621 aa  83.6  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522711  normal  0.575314 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  32.12 
 
 
562 aa  83.2  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.63 
 
 
602 aa  83.2  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.14 
 
 
331 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.12 
 
 
570 aa  82.8  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.2 
 
 
339 aa  82.4  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  32.12 
 
 
559 aa  82.4  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.27 
 
 
755 aa  82.8  0.00000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  26.43 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  26.43 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.63 
 
 
602 aa  82  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  33.33 
 
 
900 aa  81.3  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.52 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0023  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.34 
 
 
664 aa  81.3  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0608754  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.44 
 
 
634 aa  81.3  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.68 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.26 
 
 
605 aa  80.9  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  26.91 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.52 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.86 
 
 
325 aa  80.1  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.62 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.85 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1233  DNA polymerase III, tau and gamma subunits  26.56 
 
 
381 aa  79.3  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.81 
 
 
732 aa  79  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  26.98 
 
 
605 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.18 
 
 
628 aa  78.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 
345 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.17 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  30.29 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.72 
 
 
600 aa  78.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  28.21 
 
 
339 aa  78.6  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0736  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.77 
 
 
602 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.536606  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.26 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  25.63 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.98 
 
 
501 aa  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.51 
 
 
359 aa  78.2  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.65 
 
 
622 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  21.73 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.24 
 
 
565 aa  77.4  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.24 
 
 
565 aa  77.4  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.5 
 
 
395 aa  77.4  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.29 
 
 
614 aa  77  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  29.06 
 
 
295 aa  77  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.05 
 
 
547 aa  77  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>