More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2000 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
614 aa  1204    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.9 
 
 
687 aa  626  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.46 
 
 
628 aa  510  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.41 
 
 
626 aa  511  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.34 
 
 
584 aa  506  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50 
 
 
587 aa  504  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.83 
 
 
623 aa  502  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.09 
 
 
592 aa  497  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.09 
 
 
580 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.03 
 
 
611 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.78 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.39 
 
 
582 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.43 
 
 
582 aa  492  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.78 
 
 
605 aa  488  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.83 
 
 
602 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.97 
 
 
613 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.83 
 
 
602 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.32 
 
 
605 aa  488  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.54 
 
 
608 aa  488  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.57 
 
 
623 aa  484  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.8 
 
 
623 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.49 
 
 
626 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.99 
 
 
622 aa  481  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.59 
 
 
605 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.74 
 
 
628 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.95 
 
 
618 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.68 
 
 
631 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.99 
 
 
625 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.65 
 
 
627 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.57 
 
 
624 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.84 
 
 
659 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.29 
 
 
600 aa  467  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.52 
 
 
625 aa  465  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.48 
 
 
651 aa  460  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.74 
 
 
565 aa  450  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.01 
 
 
632 aa  452  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.99 
 
 
573 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.29 
 
 
606 aa  420  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.81 
 
 
634 aa  417  9.999999999999999e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.89 
 
 
637 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.21 
 
 
533 aa  392  1e-107  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 
491 aa  363  7.0000000000000005e-99  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.22 
 
 
505 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.23 
 
 
579 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  43.82 
 
 
605 aa  326  8.000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.75 
 
 
551 aa  323  4e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  44.32 
 
 
579 aa  320  5e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.56 
 
 
582 aa  317  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  45.86 
 
 
580 aa  314  3.9999999999999997e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2112  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.11 
 
 
730 aa  313  5.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  37.02 
 
 
582 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.05 
 
 
795 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.35 
 
 
599 aa  307  3e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.26 
 
 
579 aa  306  8.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.59 
 
 
569 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4903  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.93 
 
 
731 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742776  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1457  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.08 
 
 
647 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.4 
 
 
570 aa  302  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  46.03 
 
 
648 aa  302  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.47 
 
 
582 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.2 
 
 
911 aa  301  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.48 
 
 
664 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.29 
 
 
605 aa  301  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.45 
 
 
1113 aa  301  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.28 
 
 
948 aa  300  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.34 
 
 
637 aa  301  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1399  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.15 
 
 
716 aa  300  4e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289832  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1191  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.61 
 
 
728 aa  300  6e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.775033  normal  0.972053 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.86 
 
 
649 aa  300  6e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1507  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.33 
 
 
678 aa  300  8e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2350  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.33 
 
 
679 aa  298  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.156854  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1976  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.78 
 
 
650 aa  298  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0621035 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.4 
 
 
681 aa  298  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  40.65 
 
 
1002 aa  297  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.35 
 
 
690 aa  296  5e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  41.1 
 
 
955 aa  296  6e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.51 
 
 
614 aa  296  7e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.65 
 
 
553 aa  296  8e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.03 
 
 
698 aa  296  8e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.68 
 
 
643 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.23 
 
 
1071 aa  295  1e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.35 
 
 
602 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.29 
 
 
685 aa  295  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.11 
 
 
678 aa  295  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.12 
 
 
587 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0492  putative DNA polymerase III, gamma/tau subunit  38.9 
 
 
396 aa  294  3e-78  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.69 
 
 
690 aa  294  4e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  46.53 
 
 
625 aa  293  6e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.47 
 
 
1045 aa  293  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.47 
 
 
1040 aa  293  6e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.65 
 
 
930 aa  293  8e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.37 
 
 
558 aa  292  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2330  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.21 
 
 
620 aa  292  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.78 
 
 
642 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  37.16 
 
 
537 aa  291  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.98 
 
 
1137 aa  292  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.12 
 
 
601 aa  291  2e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.78 
 
 
642 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.78 
 
 
642 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.78 
 
 
642 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>