More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0369 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  70.06 
 
 
623 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
611 aa  1218    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  74.59 
 
 
613 aa  885    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.28 
 
 
623 aa  649    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  73.9 
 
 
627 aa  862    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  75.82 
 
 
618 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  73.41 
 
 
624 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  86.32 
 
 
615 aa  1032    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.78 
 
 
628 aa  638    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.36 
 
 
626 aa  635    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.54 
 
 
605 aa  659    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.87 
 
 
605 aa  633  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.76 
 
 
622 aa  630  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.6 
 
 
626 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  57.14 
 
 
602 aa  609  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.91 
 
 
631 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.97 
 
 
602 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.33 
 
 
600 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.04 
 
 
625 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.09 
 
 
605 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.48 
 
 
651 aa  589  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.37 
 
 
623 aa  591  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.68 
 
 
634 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.68 
 
 
625 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.83 
 
 
628 aa  569  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  69 
 
 
637 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.6 
 
 
659 aa  513  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.53 
 
 
582 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.89 
 
 
580 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.97 
 
 
587 aa  495  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.72 
 
 
582 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.09 
 
 
614 aa  487  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.65 
 
 
592 aa  488  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.8 
 
 
584 aa  487  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.72 
 
 
608 aa  482  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.81 
 
 
606 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.67 
 
 
565 aa  431  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.68 
 
 
687 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0055  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.03 
 
 
582 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0628794  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.68 
 
 
632 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.21 
 
 
573 aa  371  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  36.14 
 
 
533 aa  347  3e-94  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  32.49 
 
 
491 aa  331  2e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.32 
 
 
505 aa  318  1e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  42.06 
 
 
605 aa  316  8e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.03 
 
 
681 aa  309  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.68 
 
 
698 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  41.02 
 
 
582 aa  303  9e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.47 
 
 
911 aa  300  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  40.28 
 
 
955 aa  300  7e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.16 
 
 
691 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.01 
 
 
948 aa  294  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.65 
 
 
692 aa  294  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.74 
 
 
1113 aa  292  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.4 
 
 
1137 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.14 
 
 
551 aa  292  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.23 
 
 
692 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.68 
 
 
687 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.07 
 
 
601 aa  291  3e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.36 
 
 
637 aa  290  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40 
 
 
579 aa  290  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  41.32 
 
 
579 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.94 
 
 
543 aa  290  7e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.68 
 
 
689 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.13 
 
 
1147 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.87 
 
 
1137 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.43 
 
 
957 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.05 
 
 
723 aa  286  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.13 
 
 
736 aa  286  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.71 
 
 
690 aa  286  9e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  41.89 
 
 
1002 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.13 
 
 
743 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.5 
 
 
582 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.7 
 
 
1115 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.14 
 
 
605 aa  285  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.13 
 
 
681 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.68 
 
 
696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1572  DNA polymerase III, tau subunit  39.73 
 
 
572 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.13387  hitchhiker  0.00000463974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.4 
 
 
1071 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.13 
 
 
701 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.21 
 
 
694 aa  284  3.0000000000000004e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.62 
 
 
1045 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.62 
 
 
751 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.54 
 
 
614 aa  283  5.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.13 
 
 
1040 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.68 
 
 
553 aa  281  3e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  43.09 
 
 
648 aa  281  3e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.86 
 
 
685 aa  280  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.35 
 
 
921 aa  280  5e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.65 
 
 
582 aa  280  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.85 
 
 
939 aa  280  6e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 
909 aa  280  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.26 
 
 
685 aa  280  8e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  42.38 
 
 
580 aa  279  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.21 
 
 
579 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.86 
 
 
553 aa  277  3e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  41.82 
 
 
631 aa  278  3e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.58 
 
 
690 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  38.36 
 
 
696 aa  277  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.68 
 
 
795 aa  277  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>