More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0650 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.06 
 
 
592 aa  747    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  70.07 
 
 
580 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  69.51 
 
 
582 aa  761    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  69.22 
 
 
582 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.64 
 
 
584 aa  753    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.49 
 
 
608 aa  806    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
587 aa  1179    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.93 
 
 
605 aa  557  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.32 
 
 
602 aa  550  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.41 
 
 
602 aa  551  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.37 
 
 
623 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.94 
 
 
628 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.64 
 
 
626 aa  535  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.56 
 
 
600 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.76 
 
 
622 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.03 
 
 
623 aa  509  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.32 
 
 
626 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.63 
 
 
614 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.52 
 
 
613 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.42 
 
 
624 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.97 
 
 
611 aa  498  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.94 
 
 
615 aa  499  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.26 
 
 
628 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.81 
 
 
634 aa  501  1e-140  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.91 
 
 
625 aa  501  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.55 
 
 
625 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.86 
 
 
627 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.93 
 
 
623 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.78 
 
 
631 aa  492  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.59 
 
 
618 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.89 
 
 
605 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.39 
 
 
606 aa  475  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.35 
 
 
651 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.26 
 
 
637 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.65 
 
 
632 aa  464  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.03 
 
 
565 aa  458  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.77 
 
 
687 aa  454  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.99 
 
 
659 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.84 
 
 
605 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.14 
 
 
573 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.23 
 
 
533 aa  341  2.9999999999999998e-92  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  41.06 
 
 
605 aa  329  8e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 
491 aa  325  1e-87  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.69 
 
 
505 aa  324  2e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.84 
 
 
664 aa  317  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.63 
 
 
743 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.58 
 
 
911 aa  317  4e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.63 
 
 
736 aa  317  6e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  36.97 
 
 
582 aa  315  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.98 
 
 
579 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.63 
 
 
696 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.53 
 
 
694 aa  313  4.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.48 
 
 
701 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.48 
 
 
681 aa  313  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.75 
 
 
692 aa  312  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2112  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.46 
 
 
730 aa  312  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 
955 aa  311  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.67 
 
 
948 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.54 
 
 
692 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.54 
 
 
691 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  42.21 
 
 
529 aa  309  6.999999999999999e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.48 
 
 
687 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.48 
 
 
689 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.72 
 
 
678 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.37 
 
 
685 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2534  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.82 
 
 
752 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.821414  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.65 
 
 
690 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.92 
 
 
921 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.78 
 
 
605 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.67 
 
 
939 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.08 
 
 
1040 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.49 
 
 
1113 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  44.08 
 
 
1002 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1976  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.65 
 
 
650 aa  303  7.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0621035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.08 
 
 
1071 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.08 
 
 
1045 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.29 
 
 
642 aa  303  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.35 
 
 
572 aa  303  8.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1135  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.86 
 
 
650 aa  303  8.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239786  unclonable  0.0000000363353 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.35 
 
 
572 aa  303  8.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.29 
 
 
642 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.56 
 
 
582 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  42.64 
 
 
580 aa  301  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.29 
 
 
642 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.3 
 
 
723 aa  301  2e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  45.43 
 
 
909 aa  301  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.76 
 
 
690 aa  301  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.44 
 
 
642 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.27 
 
 
558 aa  300  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.97 
 
 
579 aa  300  4e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.76 
 
 
637 aa  300  5e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1457  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.15 
 
 
647 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.86 
 
 
795 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0950  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.69 
 
 
642 aa  298  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.194828  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 
696 aa  298  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.05 
 
 
642 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.26 
 
 
614 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.86 
 
 
658 aa  297  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.71 
 
 
957 aa  298  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.27 
 
 
553 aa  297  4e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>