More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3649 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.79 
 
 
580 aa  771    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
592 aa  1191    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  67.78 
 
 
582 aa  773    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.23 
 
 
582 aa  772    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  67.73 
 
 
587 aa  769    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.15 
 
 
584 aa  717    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  69.47 
 
 
608 aa  771    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.66 
 
 
628 aa  531  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.66 
 
 
626 aa  529  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.88 
 
 
623 aa  526  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.75 
 
 
605 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.35 
 
 
602 aa  523  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.35 
 
 
602 aa  521  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.05 
 
 
623 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.47 
 
 
613 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50.68 
 
 
622 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.46 
 
 
634 aa  510  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.9 
 
 
659 aa  510  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49 
 
 
626 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.19 
 
 
565 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.09 
 
 
614 aa  504  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.72 
 
 
600 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  48.95 
 
 
628 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.65 
 
 
611 aa  500  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.14 
 
 
625 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.38 
 
 
627 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.34 
 
 
631 aa  495  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.67 
 
 
615 aa  497  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.3 
 
 
623 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.59 
 
 
625 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.79 
 
 
606 aa  493  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.91 
 
 
624 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.61 
 
 
618 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.74 
 
 
605 aa  481  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.5 
 
 
651 aa  481  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.86 
 
 
632 aa  473  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.89 
 
 
637 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.79 
 
 
605 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.68 
 
 
573 aa  442  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.44 
 
 
687 aa  433  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  36.82 
 
 
533 aa  354  2e-96  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  42.76 
 
 
605 aa  328  1.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  32.85 
 
 
491 aa  327  3e-88  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.83 
 
 
743 aa  327  5e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.61 
 
 
691 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.49 
 
 
505 aa  324  3e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.37 
 
 
692 aa  323  8e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
736 aa  320  6e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.86 
 
 
694 aa  320  6e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
692 aa  319  9e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  36.63 
 
 
582 aa  318  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  44.2 
 
 
955 aa  318  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.3 
 
 
696 aa  317  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
681 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
701 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.25 
 
 
582 aa  317  5e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.3 
 
 
911 aa  317  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.97 
 
 
664 aa  316  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.34 
 
 
687 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.13 
 
 
605 aa  314  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  45.58 
 
 
529 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.6 
 
 
1071 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.6 
 
 
1040 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.22 
 
 
689 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  44.78 
 
 
1002 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.6 
 
 
1045 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.94 
 
 
948 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2534  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.56 
 
 
752 aa  311  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.821414  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  43.19 
 
 
909 aa  310  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  45.3 
 
 
580 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.3 
 
 
957 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1457  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.41 
 
 
647 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.44 
 
 
579 aa  307  3e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3059  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.94 
 
 
658 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.94 
 
 
658 aa  307  4.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.94 
 
 
658 aa  307  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.32 
 
 
1115 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.09 
 
 
614 aa  306  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.41 
 
 
723 aa  306  7e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.96 
 
 
1137 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.92 
 
 
939 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.49 
 
 
1113 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.68 
 
 
1147 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.68 
 
 
1137 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.63 
 
 
678 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.54 
 
 
921 aa  302  9e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.69 
 
 
582 aa  302  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.09 
 
 
914 aa  302  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.97 
 
 
643 aa  302  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.16 
 
 
643 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.16 
 
 
643 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.21 
 
 
685 aa  301  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2112  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.67 
 
 
730 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635796  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.04 
 
 
551 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.2 
 
 
690 aa  301  2e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  43.16 
 
 
643 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>