More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0710 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  69.6 
 
 
592 aa  786    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  92.78 
 
 
582 aa  1023    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
582 aa  1171    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  99.48 
 
 
580 aa  1065    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  67.96 
 
 
584 aa  748    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  69.88 
 
 
608 aa  783    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  68.86 
 
 
587 aa  797    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.68 
 
 
622 aa  555  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.77 
 
 
613 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.66 
 
 
628 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.68 
 
 
605 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.47 
 
 
623 aa  538  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.66 
 
 
626 aa  537  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.32 
 
 
600 aa  533  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.85 
 
 
623 aa  535  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.93 
 
 
627 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.52 
 
 
602 aa  528  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.09 
 
 
623 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.96 
 
 
611 aa  523  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.34 
 
 
602 aa  525  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.79 
 
 
615 aa  522  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.08 
 
 
659 aa  521  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.75 
 
 
624 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.41 
 
 
626 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.09 
 
 
565 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.72 
 
 
634 aa  513  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.26 
 
 
614 aa  512  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.33 
 
 
618 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.49 
 
 
651 aa  513  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.66 
 
 
625 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  52.33 
 
 
605 aa  509  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.55 
 
 
606 aa  509  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  49.74 
 
 
628 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.91 
 
 
631 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.36 
 
 
625 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  51.94 
 
 
605 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.27 
 
 
632 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0055  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.62 
 
 
582 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0628794  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.7 
 
 
687 aa  468  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.57 
 
 
573 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  61.42 
 
 
637 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.4 
 
 
533 aa  348  1e-94  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.37 
 
 
694 aa  338  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.77 
 
 
691 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.24 
 
 
692 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44 
 
 
743 aa  332  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.24 
 
 
696 aa  332  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.51 
 
 
692 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.24 
 
 
701 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  44.08 
 
 
605 aa  330  3e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.24 
 
 
681 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  30.87 
 
 
491 aa  329  7e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.69 
 
 
736 aa  329  8e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.09 
 
 
664 aa  329  9e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  45.41 
 
 
955 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.83 
 
 
690 aa  328  1.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.68 
 
 
911 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.51 
 
 
687 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  45.37 
 
 
909 aa  327  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.7 
 
 
689 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2112  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.69 
 
 
730 aa  327  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635796  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.53 
 
 
505 aa  325  2e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.37 
 
 
678 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.86 
 
 
948 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.06 
 
 
642 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.94 
 
 
642 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1135  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.49 
 
 
650 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239786  unclonable  0.0000000363353 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.22 
 
 
642 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.71 
 
 
642 aa  320  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  36.21 
 
 
582 aa  319  7.999999999999999e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.26 
 
 
690 aa  319  9e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.06 
 
 
642 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1191  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.79 
 
 
728 aa  318  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.775033  normal  0.972053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.13 
 
 
579 aa  318  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.32 
 
 
723 aa  318  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.71 
 
 
685 aa  317  3e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.57 
 
 
1113 aa  317  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.57 
 
 
1071 aa  317  4e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.6 
 
 
939 aa  317  4e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.57 
 
 
1040 aa  317  4e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.57 
 
 
1045 aa  317  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  46.96 
 
 
648 aa  316  6e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  43.54 
 
 
1002 aa  316  7e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.6 
 
 
921 aa  316  8e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.2 
 
 
795 aa  316  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.22 
 
 
681 aa  315  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.8 
 
 
751 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1976  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.75 
 
 
650 aa  314  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0621035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.3 
 
 
643 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  43.5 
 
 
631 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.57 
 
 
685 aa  314  3.9999999999999997e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  44.75 
 
 
529 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1670  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.86 
 
 
605 aa  313  5.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.595012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2534  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.83 
 
 
752 aa  313  7.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.821414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.5 
 
 
643 aa  312  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  39.91 
 
 
696 aa  312  1e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1035  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
731 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.430627  normal  0.544075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1127  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.58 
 
 
733 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.31 
 
 
957 aa  312  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.37 
 
 
774 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>