More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4955 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
390 aa  771    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  75.9 
 
 
390 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  62.37 
 
 
393 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  63.47 
 
 
394 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.9 
 
 
390 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  52.31 
 
 
389 aa  355  7.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  52.31 
 
 
412 aa  348  1e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.73 
 
 
386 aa  347  2e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.03 
 
 
378 aa  341  1e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.42 
 
 
427 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.79 
 
 
406 aa  335  7.999999999999999e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  48.58 
 
 
378 aa  330  3e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  49.37 
 
 
395 aa  327  3e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.87 
 
 
385 aa  325  1e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  48.73 
 
 
387 aa  322  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.23 
 
 
381 aa  318  1e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.62 
 
 
424 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  47.21 
 
 
380 aa  311  1e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  45.69 
 
 
385 aa  309  5e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  49.49 
 
 
399 aa  308  9e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  47.07 
 
 
402 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  47.07 
 
 
402 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  47.33 
 
 
402 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  50.42 
 
 
404 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  48.13 
 
 
401 aa  303  5.000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.28 
 
 
406 aa  301  1e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.02 
 
 
431 aa  296  4e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  48.35 
 
 
407 aa  295  7e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.78 
 
 
442 aa  289  6e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  48.35 
 
 
392 aa  288  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  45.61 
 
 
418 aa  273  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  45.9 
 
 
385 aa  268  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  46.34 
 
 
396 aa  268  1e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  46.89 
 
 
394 aa  267  2e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  43.78 
 
 
394 aa  267  2e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  46.09 
 
 
414 aa  261  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  32.41 
 
 
383 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  30.33 
 
 
392 aa  160  3e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.37 
 
 
358 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.04 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.58 
 
 
330 aa  133  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.19 
 
 
329 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.09 
 
 
391 aa  126  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.5 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.42 
 
 
332 aa  119  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.56 
 
 
321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 
320 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.39 
 
 
331 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  27.49 
 
 
382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.05 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  37.3 
 
 
298 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  24.38 
 
 
339 aa  113  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.91 
 
 
338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.39 
 
 
327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  29.43 
 
 
389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.55 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.08 
 
 
320 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.81 
 
 
363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.86 
 
 
324 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  34.81 
 
 
282 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.41 
 
 
447 aa  109  7.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.24 
 
 
326 aa  109  9.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5665  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.75 
 
 
462 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.07 
 
 
588 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.11 
 
 
345 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.8 
 
 
340 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4926  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.41 
 
 
715 aa  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.67 
 
 
520 aa  107  4e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.27 
 
 
501 aa  107  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.15 
 
 
322 aa  107  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.63 
 
 
543 aa  106  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.87 
 
 
318 aa  106  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.6 
 
 
343 aa  106  7e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.49 
 
 
323 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  28.39 
 
 
578 aa  105  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.63 
 
 
601 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.64 
 
 
339 aa  105  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1557  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.37 
 
 
543 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.311213  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.26 
 
 
930 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.75 
 
 
527 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.72 
 
 
612 aa  103  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.06 
 
 
589 aa  103  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.13 
 
 
567 aa  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  32 
 
 
335 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  27.38 
 
 
326 aa  103  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  38.99 
 
 
300 aa  103  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.21 
 
 
681 aa  102  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.72 
 
 
914 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.5 
 
 
755 aa  102  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  32.35 
 
 
579 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  27.96 
 
 
526 aa  102  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.21 
 
 
698 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  25.54 
 
 
327 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  25.54 
 
 
327 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 
326 aa  101  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  26.46 
 
 
327 aa  101  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9029  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.52 
 
 
863 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  31.33 
 
 
365 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>