More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0884 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 373 aa  777    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  76.29 
 
 		 377 aa  593  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  39.4 
 
 		 337 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  36.51 
 
 		 336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  37.2 
 
 		 337 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  36.12 
 
 		 336 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.85 
 
 		 336 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  34.33 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.7 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 344 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  32.35 
 
 		 342 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  34.86 
 
 		 349 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  32.52 
 
 		 342 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  33.24 
 
 		 342 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  33.24 
 
 		 342 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  33.24 
 
 		 342 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  34.97 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.09 
 
 		 339 aa  185  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 		 344 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  33.78 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.37 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.7 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  31.03 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.87 
 
 		 357 aa  153  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.77 
 
 		 327 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.81 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  28.46 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  29.71 
 
 		 333 aa  133  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  29.11 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  28.91 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  28.98 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 		 373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  30.74 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  28.46 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.47 
 
 		 360 aa  123  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.72 
 
 		 351 aa  122  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.2 
 
 		 331 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  32.85 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.04 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  31.43 
 
 		 319 aa  116  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  31.43 
 
 		 319 aa  116  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  32.51 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  32.51 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.65 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  31.28 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  31.53 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.8 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  31.53 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  30.14 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.03 
 
 		 335 aa  109  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  31.53 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  33.01 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  29.86 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  32.02 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.19 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  33.86 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 		 321 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  29.19 
 
 		 320 aa  106  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  32.28 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.07 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  30.04 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.57 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  25.94 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.1 
 
 		 336 aa  99.8  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  30.16 
 
 		 336 aa  99.4  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.1 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  29.11 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  31.22 
 
 		 340 aa  97.4  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  31.22 
 
 		 340 aa  97.4  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.23 
 
 		 321 aa  96.7  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  29.82 
 
 		 334 aa  96.3  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  27.65 
 
 		 321 aa  96.3  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  28.57 
 
 		 336 aa  95.9  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  28.92 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  31.9 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  32.26 
 
 		 335 aa  95.1  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  30.32 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  35.09 
 
 		 326 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 		 339 aa  93.6  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 		 390 aa  93.6  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.81 
 
 		 305 aa  93.6  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  27.15 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  27.15 
 
 		 334 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.38 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  27.81 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  27.15 
 
 		 334 aa  92  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  31.91 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  30.62 
 
 		 391 aa  91.7  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  28.4 
 
 		 372 aa  92  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  31.19 
 
 		 326 aa  92  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>