More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2518 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
379 aa  762    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  79.61 
 
 
373 aa  564  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  59.68 
 
 
336 aa  422  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  58.73 
 
 
331 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  58.4 
 
 
332 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 
333 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  57.14 
 
 
349 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  54.79 
 
 
351 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 
340 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.78 
 
 
360 aa  247  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.56 
 
 
357 aa  243  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.21 
 
 
368 aa  152  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.83 
 
 
377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.03 
 
 
327 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  33.79 
 
 
344 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.52 
 
 
342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  31.96 
 
 
337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.82 
 
 
339 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  33.24 
 
 
342 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  35.36 
 
 
330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  30.47 
 
 
336 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
328 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  30.47 
 
 
336 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  34.55 
 
 
342 aa  126  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.26 
 
 
334 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
328 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  28 
 
 
373 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  41.04 
 
 
342 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  41.04 
 
 
342 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  41.04 
 
 
342 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 
351 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.02 
 
 
331 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  41.04 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  30.36 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  34.73 
 
 
328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  30.56 
 
 
337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  34.73 
 
 
328 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  32.7 
 
 
349 aa  119  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  34.54 
 
 
328 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.35 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  32.79 
 
 
344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  43.35 
 
 
344 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.76 
 
 
328 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.24 
 
 
328 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  38.55 
 
 
328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  42.08 
 
 
344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.55 
 
 
328 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.73 
 
 
347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.22 
 
 
336 aa  104  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.65 
 
 
321 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.65 
 
 
305 aa  104  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.89 
 
 
363 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  36.11 
 
 
319 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  36.11 
 
 
319 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.84 
 
 
323 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  31.16 
 
 
295 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.11 
 
 
363 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  27.79 
 
 
337 aa  99.8  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  34.18 
 
 
336 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  32.84 
 
 
336 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.22 
 
 
331 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  31.31 
 
 
304 aa  97.8  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.67 
 
 
342 aa  97.1  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.22 
 
 
336 aa  96.7  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  37.86 
 
 
321 aa  96.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  35.23 
 
 
378 aa  96.3  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.44 
 
 
335 aa  95.9  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
334 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
334 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  31.91 
 
 
696 aa  94  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.33 
 
 
690 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.33 
 
 
685 aa  93.6  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
370 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
334 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.13 
 
 
681 aa  92.8  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.15 
 
 
658 aa  92.8  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
389 aa  92.8  9e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.09 
 
 
911 aa  92.8  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.53 
 
 
601 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.77 
 
 
658 aa  92.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32 
 
 
312 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3059  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.77 
 
 
658 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.03 
 
 
374 aa  92  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.36 
 
 
347 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.53 
 
 
543 aa  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  34.36 
 
 
955 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  36.68 
 
 
334 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0572  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.3 
 
 
692 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000382536  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.66 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.28 
 
 
572 aa  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.88 
 
 
774 aa  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>