More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1949 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
373 aa  748    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  79.61 
 
 
379 aa  574  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  59.72 
 
 
336 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  58.61 
 
 
331 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  58.4 
 
 
332 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  56.11 
 
 
333 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  56.21 
 
 
349 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  53.33 
 
 
351 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  57.18 
 
 
340 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.57 
 
 
357 aa  257  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.67 
 
 
360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  32.04 
 
 
377 aa  147  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.54 
 
 
368 aa  139  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.67 
 
 
334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.91 
 
 
327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  32.57 
 
 
342 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
337 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
342 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.65 
 
 
351 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  29.36 
 
 
336 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
328 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.4 
 
 
339 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 
342 aa  123  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
373 aa  123  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  31.52 
 
 
344 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.68 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 
342 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.37 
 
 
328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  34.19 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  37.93 
 
 
328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 
342 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  29.51 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 
342 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.66 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  29.21 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.66 
 
 
328 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.27 
 
 
327 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  29.81 
 
 
337 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.14 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  37.37 
 
 
328 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.46 
 
 
331 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  38.02 
 
 
328 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  38.02 
 
 
328 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  43.02 
 
 
344 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  41.11 
 
 
344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  31.97 
 
 
344 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.88 
 
 
347 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.16 
 
 
323 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.99 
 
 
336 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  31.5 
 
 
295 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.52 
 
 
363 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  32.46 
 
 
319 aa  100  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  35.32 
 
 
321 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  32.46 
 
 
319 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.32 
 
 
363 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.46 
 
 
331 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.53 
 
 
305 aa  99.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  30.36 
 
 
336 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  32.13 
 
 
336 aa  97.8  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.79 
 
 
336 aa  96.7  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  27.88 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.99 
 
 
327 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 
304 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  36.63 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  36.63 
 
 
334 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  31 
 
 
324 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  36.63 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  36.63 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  36.63 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  30.86 
 
 
343 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.48 
 
 
320 aa  94.4  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.14 
 
 
334 aa  94  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.92 
 
 
337 aa  94  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  30.12 
 
 
955 aa  94  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  35.64 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  35.64 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 
334 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 
334 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  35.64 
 
 
334 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 
334 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  29.45 
 
 
334 aa  93.2  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.32 
 
 
370 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.5 
 
 
939 aa  92.8  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  34.36 
 
 
361 aa  92  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  35.43 
 
 
378 aa  92  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.55 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.61 
 
 
347 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.81 
 
 
957 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  26.54 
 
 
320 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.18 
 
 
335 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.59 
 
 
690 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>