148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2160 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2160  hypothetical protein  100 
 
 		 578 aa  1179    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000828835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2691  hypothetical protein  63.38 
 
 		 534 aa  648    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0089028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1928  hypothetical protein  61.97 
 
 		 508 aa  635    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000792391  normal  0.162614 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2301  hypothetical protein  60.28 
 
 		 533 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2371  hypothetical protein  60.2 
 
 		 533 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00101788  normal  0.189183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2738  hypothetical protein  59.53 
 
 		 547 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00426784  normal  0.452389 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2491  hypothetical protein  59.68 
 
 		 533 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.803199  normal  0.104159 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2660  hypothetical protein  59.33 
 
 		 547 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00947468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1725  hypothetical protein  59.22 
 
 		 547 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132926  hitchhiker  0.00697252 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1565  hypothetical protein  51.89 
 
 		 525 aa  525  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1363  hypothetical protein  48.61 
 
 		 504 aa  497  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2623  dipeptidase, putative  62.03 
 
 		 237 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2626  dipeptidase, putative  62.68 
 
 		 280 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.357242  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4890  hypothetical protein  31.65 
 
 		 579 aa  250  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00623806  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4453  hypothetical protein  33.06 
 
 		 592 aa  243  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.850017  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1237  hypothetical protein  32.31 
 
 		 576 aa  237  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.752635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1302  hypothetical protein  30.94 
 
 		 575 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1176  hypothetical protein  31.29 
 
 		 576 aa  227  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0229  hypothetical protein  31.01 
 
 		 576 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0226  hypothetical protein  29.76 
 
 		 585 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.767872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0203  hypothetical protein  29.39 
 
 		 576 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1208  hypothetical protein  30.48 
 
 		 591 aa  212  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0273  hypothetical protein  30.94 
 
 		 576 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.956314  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1343  dipeptidase, putative  30.24 
 
 		 579 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.539449  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4190  hypothetical protein  30.71 
 
 		 579 aa  203  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1156  hypothetical protein  28.93 
 
 		 579 aa  197  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08190  Xaa-His dipeptidase  29.33 
 
 		 464 aa  184  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1231  dipeptidase PepV  26.39 
 
 		 465 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00676632  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1421  dipeptidase PepV  26.39 
 
 		 465 aa  161  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.220018  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2070  dipeptidase PepV  29.48 
 
 		 464 aa  157  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000110945  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1219  dipeptidase PepV  31.09 
 
 		 468 aa  156  8e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.274288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0677  dipeptidase  29.64 
 
 		 469 aa  156  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1291  dipeptidase PepV  28.17 
 
 		 467 aa  154  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.901763  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  26.8 
 
 		 467 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0439  dipeptidase PepV  26.95 
 
 		 465 aa  151  3e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3367  dipeptidase PepV  29.33 
 
 		 467 aa  150  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4846  dipeptidase PepV  28.87 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4816  dipeptidase PepV  28.94 
 
 		 468 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.630994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0420  dipeptidase PepV  28.64 
 
 		 468 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.93198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2756  dipeptidase  28.08 
 
 		 470 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4535  dipeptidase PepV  28.64 
 
 		 468 aa  146  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0431  dipeptidase  25.1 
 
 		 463 aa  145  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4839  dipeptidase PepV  28.18 
 
 		 468 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4436  dipeptidase PepV  27.94 
 
 		 468 aa  144  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4821  dipeptidase PepV  27.94 
 
 		 468 aa  143  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4454  dipeptidase PepV  27.94 
 
 		 468 aa  143  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1525  peptidase V  26.42 
 
 		 471 aa  140  4.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0847  peptidase V  28.57 
 
 		 473 aa  138  3.0000000000000003e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.150177  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1806  dipeptidase PepV  26.25 
 
 		 469 aa  137  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1841  dipeptidase PepV  26.25 
 
 		 469 aa  137  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1723  dipeptidase, putative  25.77 
 
 		 465 aa  131  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0908  dipeptidase PepV  28.03 
 
 		 472 aa  130  8.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000716409  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1083  dipeptidase PepV  28.12 
 
 		 468 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.30546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1063  dipeptidase  25.83 
 
 		 470 aa  125  2e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1971  dipeptidase  25.78 
 
 		 476 aa  125  2e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1046  dipeptidase, putative  25.67 
 
 		 464 aa  124  5e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1310  dipeptidase PepV  26.61 
 
 		 469 aa  121  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000129958  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0420  dipeptidase, putative  25.59 
 
 		 449 aa  120  6e-26  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.808057  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1544  hypothetical protein  26.93 
 
 		 444 aa  117  6.9999999999999995e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0234535  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4600  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.62 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf023  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.33 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0375  dipeptidase  24.36 
 
 		 481 aa  108  2e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0135  dipeptidase  27.19 
 
 		 473 aa  106  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.502281 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1434  dipeptidase  23.35 
 
 		 438 aa  105  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0146976  normal  0.693592 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl437  arginine catabolism aminotransferase  25.94 
 
 		 450 aa  105  3e-21  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000221366  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02210  dipeptidase, putative  26.01 
 
 		 484 aa  103  6e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03630  dipeptidase, putative  23.2 
 
 		 481 aa  96.7  1e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00297419  normal  0.0181586 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0609  dipeptidase  24.52 
 
 		 456 aa  94  7e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.120564  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2008  peptidase M20  32.75 
 
 		 451 aa  59.3  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.930842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5344  hypothetical protein  39.29 
 
 		 468 aa  55.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4522  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.09 
 
 		 428 aa  55.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4420  hypothetical protein  41.67 
 
 		 462 aa  53.9  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.33388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4100  hypothetical protein  41.67 
 
 		 462 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3383  hypothetical protein  41.67 
 
 		 463 aa  53.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3983  hypothetical protein  32.8 
 
 		 462 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  32.08 
 
 		 396 aa  52  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0429  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.87 
 
 		 445 aa  51.2  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  31.87 
 
 		 407 aa  51.2  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0121  hypothetical protein  40.91 
 
 		 471 aa  50.8  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0118  hypothetical protein  40.91 
 
 		 471 aa  50.8  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.551484  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0136  hypothetical protein  40.48 
 
 		 469 aa  50.8  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  35 
 
 		 396 aa  50.8  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  26.42 
 
 		 411 aa  50.4  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  34.09 
 
 		 411 aa  50.1  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  35.87 
 
 		 433 aa  50.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  31.25 
 
 		 489 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.43 
 
 		 411 aa  49.7  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  26.2 
 
 		 414 aa  49.7  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0301  hypothetical protein  40.48 
 
 		 462 aa  49.3  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  30.85 
 
 		 457 aa  48.9  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1635  peptidase M20  31.03 
 
 		 400 aa  49.7  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.419911  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2039  hypothetical protein  34.94 
 
 		 488 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  28.67 
 
 		 409 aa  48.9  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  36 
 
 		 410 aa  48.9  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  34.94 
 
 		 424 aa  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  33 
 
 		 432 aa  48.1  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0019  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.43 
 
 		 428 aa  48.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  26.27 
 
 		 415 aa  47.4  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  30.67 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1220  hypothetical protein  25.77 
 
 		 471 aa  47  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000349749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>