More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1176 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1302  hypothetical protein  82.32 
 
 
575 aa  977    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1176  hypothetical protein  100 
 
 
576 aa  1173    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4453  hypothetical protein  69 
 
 
592 aa  777    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.850017  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1208  hypothetical protein  63.46 
 
 
591 aa  681    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1237  hypothetical protein  97.74 
 
 
576 aa  1152    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.752635  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4890  hypothetical protein  75.41 
 
 
579 aa  867    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00623806  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0273  hypothetical protein  39.27 
 
 
576 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.956314  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1156  hypothetical protein  39.24 
 
 
579 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4190  hypothetical protein  39 
 
 
579 aa  424  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0229  hypothetical protein  38.93 
 
 
576 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0226  hypothetical protein  38.93 
 
 
585 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.767872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0203  hypothetical protein  38.3 
 
 
576 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1343  dipeptidase, putative  39.18 
 
 
579 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.539449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2691  hypothetical protein  32.85 
 
 
534 aa  242  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0089028  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1363  hypothetical protein  32 
 
 
504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1928  hypothetical protein  32.38 
 
 
508 aa  238  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000792391  normal  0.162614 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1565  hypothetical protein  34.34 
 
 
525 aa  233  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2160  hypothetical protein  31.29 
 
 
578 aa  228  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000828835  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2371  hypothetical protein  31.69 
 
 
533 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00101788  normal  0.189183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2491  hypothetical protein  31.76 
 
 
533 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.803199  normal  0.104159 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2301  hypothetical protein  31.63 
 
 
533 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186231  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1725  hypothetical protein  32.87 
 
 
547 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132926  hitchhiker  0.00697252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2738  hypothetical protein  32.26 
 
 
547 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00426784  normal  0.452389 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08190  Xaa-His dipeptidase  29.43 
 
 
464 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2660  hypothetical protein  31.74 
 
 
547 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00947468  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1291  dipeptidase PepV  32.85 
 
 
467 aa  198  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.901763  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2070  dipeptidase PepV  30.44 
 
 
464 aa  194  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000110945  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1421  dipeptidase PepV  29.08 
 
 
465 aa  192  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.220018  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1219  dipeptidase PepV  29.11 
 
 
468 aa  189  8e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.274288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0677  dipeptidase  29.5 
 
 
469 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1231  dipeptidase PepV  27.67 
 
 
465 aa  187  4e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00676632  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1525  peptidase V  29.34 
 
 
471 aa  181  4e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0439  dipeptidase PepV  29.03 
 
 
465 aa  176  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2756  dipeptidase  27.81 
 
 
470 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0908  dipeptidase PepV  30.25 
 
 
472 aa  173  6.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000716409  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1083  dipeptidase PepV  28.39 
 
 
468 aa  170  5e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.30546  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3367  dipeptidase PepV  27.01 
 
 
467 aa  169  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  26.71 
 
 
467 aa  169  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4839  dipeptidase PepV  29.32 
 
 
468 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4816  dipeptidase PepV  29.82 
 
 
468 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.630994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0420  dipeptidase PepV  29.32 
 
 
468 aa  162  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.93198  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4436  dipeptidase PepV  29 
 
 
468 aa  161  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4535  dipeptidase PepV  28.75 
 
 
468 aa  161  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4821  dipeptidase PepV  28.82 
 
 
468 aa  161  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4454  dipeptidase PepV  28.57 
 
 
468 aa  159  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1046  dipeptidase, putative  25.32 
 
 
464 aa  158  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0847  peptidase V  27.37 
 
 
473 aa  157  4e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.150177  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1434  dipeptidase  25.29 
 
 
438 aa  155  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0146976  normal  0.693592 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4846  dipeptidase PepV  28.32 
 
 
468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1063  dipeptidase  26.39 
 
 
470 aa  147  7.0000000000000006e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0135  dipeptidase  28.1 
 
 
473 aa  146  8.000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.502281 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1723  dipeptidase, putative  24.48 
 
 
465 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02210  dipeptidase, putative  28.2 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0431  dipeptidase  23.14 
 
 
463 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1971  dipeptidase  26.61 
 
 
476 aa  137  4e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03630  dipeptidase, putative  27.13 
 
 
481 aa  135  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00297419  normal  0.0181586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2623  dipeptidase, putative  37.85 
 
 
237 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0375  dipeptidase  26.95 
 
 
481 aa  128  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4600  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 
345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1310  dipeptidase PepV  26.07 
 
 
469 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000129958  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1806  dipeptidase PepV  25.6 
 
 
469 aa  119  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1841  dipeptidase PepV  25.6 
 
 
469 aa  119  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0420  dipeptidase, putative  27.66 
 
 
449 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.808057  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1544  hypothetical protein  24.9 
 
 
444 aa  112  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0234535  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf023  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.64 
 
 
457 aa  108  3e-22  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl437  arginine catabolism aminotransferase  24.69 
 
 
450 aa  101  3e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000221366  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0609  dipeptidase  24.21 
 
 
456 aa  100  8e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.120564  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2626  dipeptidase, putative  31.05 
 
 
280 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.357242  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  30.74 
 
 
376 aa  65.1  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.16 
 
 
402 aa  62.4  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  31.61 
 
 
433 aa  62.4  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.25 
 
 
393 aa  62  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  28.45 
 
 
487 aa  61.6  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  30.16 
 
 
368 aa  61.2  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6159  peptidase M20  34.21 
 
 
437 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.757625  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.67 
 
 
404 aa  59.3  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  37 
 
 
411 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1489  peptidase M20  37.84 
 
 
432 aa  58.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0188879  normal  0.859959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2332  hypothetical protein  27.23 
 
 
471 aa  57.8  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0625849  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4976  acetylornithine deacetylase  27.5 
 
 
376 aa  57.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0778383 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  31.98 
 
 
394 aa  57.4  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  28.47 
 
 
426 aa  56.6  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  38.54 
 
 
422 aa  56.6  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0842  hypothetical protein  32.48 
 
 
471 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3819  hypothetical protein  31.33 
 
 
471 aa  56.2  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.29 
 
 
405 aa  55.8  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0871  hypothetical protein  32.48 
 
 
471 aa  56.2  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.43 
 
 
411 aa  55.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0150  acetylornithine deacetylase  31.78 
 
 
385 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.99 
 
 
433 aa  56.2  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  29.92 
 
 
390 aa  55.1  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 
422 aa  54.7  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 
422 aa  54.7  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3656  hypothetical protein  27.27 
 
 
490 aa  55.1  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.989996  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 
422 aa  54.7  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 
422 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1359  acetylornithine deacetylase  34 
 
 
404 aa  54.7  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  26.5 
 
 
396 aa  54.7  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1956  acetylornithine deacetylase  34 
 
 
411 aa  54.7  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000205463  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  38.54 
 
 
422 aa  54.7  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>