238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0203 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0203  hypothetical protein  100 
 
 		 576 aa  1178    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0229  hypothetical protein  94.1 
 
 		 576 aa  1119    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1343  dipeptidase, putative  72 
 
 		 579 aa  866    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.539449  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1156  hypothetical protein  70.88 
 
 		 579 aa  857    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4190  hypothetical protein  71.58 
 
 		 579 aa  873    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0226  hypothetical protein  97.74 
 
 		 585 aa  1153    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.767872 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0273  hypothetical protein  86.98 
 
 		 576 aa  1038    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.956314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4890  hypothetical protein  41.26 
 
 		 579 aa  431  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00623806  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4453  hypothetical protein  41.07 
 
 		 592 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.850017  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1237  hypothetical protein  38.58 
 
 		 576 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.752635  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1302  hypothetical protein  39.35 
 
 		 575 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1176  hypothetical protein  38.3 
 
 		 576 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1208  hypothetical protein  35.38 
 
 		 591 aa  345  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1363  hypothetical protein  30.96 
 
 		 504 aa  227  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2691  hypothetical protein  31.26 
 
 		 534 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0089028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2160  hypothetical protein  29.01 
 
 		 578 aa  208  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000828835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1928  hypothetical protein  31.08 
 
 		 508 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000792391  normal  0.162614 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2660  hypothetical protein  31.6 
 
 		 547 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00947468  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2738  hypothetical protein  31.67 
 
 		 547 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00426784  normal  0.452389 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1725  hypothetical protein  31.55 
 
 		 547 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132926  hitchhiker  0.00697252 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2301  hypothetical protein  30.3 
 
 		 533 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2491  hypothetical protein  29.98 
 
 		 533 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.803199  normal  0.104159 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2371  hypothetical protein  30.1 
 
 		 533 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00101788  normal  0.189183 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2070  dipeptidase PepV  28.69 
 
 		 464 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000110945  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0439  dipeptidase PepV  28.6 
 
 		 465 aa  170  6e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3367  dipeptidase PepV  27.47 
 
 		 467 aa  169  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1231  dipeptidase PepV  25.58 
 
 		 465 aa  167  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00676632  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1219  dipeptidase PepV  28.86 
 
 		 468 aa  164  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.274288  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1421  dipeptidase PepV  26.04 
 
 		 465 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.220018  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1291  dipeptidase PepV  27.86 
 
 		 467 aa  164  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.901763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1565  hypothetical protein  28.33 
 
 		 525 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1525  peptidase V  27.99 
 
 		 471 aa  162  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2756  dipeptidase  26.17 
 
 		 470 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0677  dipeptidase  26.44 
 
 		 469 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0908  dipeptidase PepV  30 
 
 		 472 aa  159  2e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000716409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08190  Xaa-His dipeptidase  25.73 
 
 		 464 aa  158  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0420  dipeptidase PepV  26.9 
 
 		 468 aa  156  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.93198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4839  dipeptidase PepV  26.54 
 
 		 468 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4436  dipeptidase PepV  26.21 
 
 		 468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1046  dipeptidase, putative  25.82 
 
 		 464 aa  154  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4821  dipeptidase PepV  25.98 
 
 		 468 aa  153  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4535  dipeptidase PepV  26.09 
 
 		 468 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4816  dipeptidase PepV  26.44 
 
 		 468 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.630994  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  26.67 
 
 		 467 aa  151  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4454  dipeptidase PepV  25.75 
 
 		 468 aa  150  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4846  dipeptidase PepV  26.03 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1083  dipeptidase PepV  29.72 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.30546  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1723  dipeptidase, putative  25.94 
 
 		 465 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1310  dipeptidase PepV  25 
 
 		 469 aa  134  6e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000129958  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0847  peptidase V  25.49 
 
 		 473 aa  133  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.150177  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1841  dipeptidase PepV  25 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1806  dipeptidase PepV  25 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1063  dipeptidase  25.84 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1971  dipeptidase  26.3 
 
 		 476 aa  124  7e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1544  hypothetical protein  24.44 
 
 		 444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0234535  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4600  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.46 
 
 		 345 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0431  dipeptidase  23.35 
 
 		 463 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1434  dipeptidase  23.59 
 
 		 438 aa  115  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0146976  normal  0.693592 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0135  dipeptidase  25.73 
 
 		 473 aa  110  9.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.502281 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0420  dipeptidase, putative  26.14 
 
 		 449 aa  106  1e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.808057  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03630  dipeptidase, putative  24.88 
 
 		 481 aa  104  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00297419  normal  0.0181586 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02210  dipeptidase, putative  26.48 
 
 		 484 aa  103  9e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2626  dipeptidase, putative  34.67 
 
 		 280 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.357242  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl437  arginine catabolism aminotransferase  24.54 
 
 		 450 aa  92.4  2e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000221366  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0375  dipeptidase  23.96 
 
 		 481 aa  89.4  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2623  dipeptidase, putative  33.49 
 
 		 237 aa  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf023  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.8 
 
 		 457 aa  87.4  6e-16  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0609  dipeptidase  21.38 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.120564  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  41.24 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1737  peptidase M20  27.6 
 
 		 474 aa  62.4  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353972 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2652  M20/DapE family protein YgeY  30.17 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.73 
 
 		 404 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  33.1 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.35 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  30.56 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0820  peptidase M20  32.1 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.44 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.7 
 
 		 410 aa  56.6  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.8 
 
 		 423 aa  55.5  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0424  M20/DapE family protein YgeY  27.67 
 
 		 413 aa  55.1  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0455  peptidase M20  26.58 
 
 		 459 aa  55.5  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0549  peptidase M20  34.95 
 
 		 437 aa  54.7  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0240  peptidase  26.54 
 
 		 460 aa  55.1  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000787577  normal  0.24947 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  32.61 
 
 		 376 aa  54.7  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  31.9 
 
 		 406 aa  54.7  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2050  glutamate carboxypeptidase  31.03 
 
 		 409 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3078  glutamate carboxypeptidase  34.31 
 
 		 413 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.125209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4378  hypothetical protein  31.48 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3532  peptidase M20  30.36 
 
 		 455 aa  52.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.918424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5121  hypothetical protein  25.64 
 
 		 475 aa  52  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.1 
 
 		 410 aa  52  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02705  hypothetical protein  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0820  M20/DapE family protein YgeY  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4666  Beta-Ala-His dipeptidase  27.06 
 
 		 455 aa  51.6  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.976885  hitchhiker  0.00791318 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0836  peptidase  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4162  peptidase  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3032  peptidase  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5005  peptidase M20  34.15 
 
 		 480 aa  51.6  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.579178 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3005  peptidase  27.44 
 
 		 403 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02667  hypothetical protein  27.44 
 
 		 402 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>