More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1098 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  100 
 
 
411 aa  841    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  77.4 
 
 
409 aa  664    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  76.9 
 
 
423 aa  649    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  78.05 
 
 
411 aa  665    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.43 
 
 
409 aa  645    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.61 
 
 
410 aa  654    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  72.79 
 
 
430 aa  629  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.75 
 
 
407 aa  629  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  72.09 
 
 
413 aa  625  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  73.08 
 
 
424 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  72.84 
 
 
429 aa  608  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  57.04 
 
 
414 aa  464  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  55.58 
 
 
422 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.45 
 
 
409 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.89 
 
 
419 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  54.41 
 
 
424 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  54.66 
 
 
424 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  53.79 
 
 
422 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.59 
 
 
422 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.39 
 
 
419 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.39 
 
 
419 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  55.53 
 
 
424 aa  427  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  54.17 
 
 
424 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.59 
 
 
423 aa  415  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1106  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.59 
 
 
184 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802488  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.81 
 
 
442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.53 
 
 
395 aa  143  6e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.68 
 
 
398 aa  139  8.999999999999999e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.08 
 
 
399 aa  137  4e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.18 
 
 
410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.21 
 
 
399 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 
413 aa  132  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.49 
 
 
435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.08 
 
 
387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.4 
 
 
433 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.1 
 
 
431 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.79 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  27.57 
 
 
446 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  30.7 
 
 
424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.49 
 
 
423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.14 
 
 
423 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.14 
 
 
439 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.7 
 
 
388 aa  110  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  27.47 
 
 
380 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  29.69 
 
 
411 aa  108  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  25.77 
 
 
423 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  27.91 
 
 
432 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.79 
 
 
437 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.21 
 
 
413 aa  105  1e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.02 
 
 
389 aa  106  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3492  acetylornithine deacetylase  26.06 
 
 
432 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.152448  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.4 
 
 
400 aa  103  8e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.34 
 
 
433 aa  102  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  24.07 
 
 
422 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2769  peptidase M20  29.59 
 
 
399 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.0329756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1406  acetylornithine deacetylase  30.1 
 
 
427 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.566514  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  24.55 
 
 
396 aa  100  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  26.7 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  22.77 
 
 
407 aa  99  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.68 
 
 
404 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2569  acetylornithine deacetylase  27.86 
 
 
432 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.999576  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  27.57 
 
 
409 aa  98.6  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  28.02 
 
 
389 aa  99  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  27.18 
 
 
390 aa  98.2  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0717  acetylornithine deacetylase  29.38 
 
 
388 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.150361  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  27.75 
 
 
390 aa  98.2  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  25 
 
 
396 aa  98.2  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  30.07 
 
 
409 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2664  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
427 aa  97.1  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.18198 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2875  acetylornithine deacetylase  27.01 
 
 
427 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.545702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3135  acetylornithine deacetylase  26.29 
 
 
432 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  25.24 
 
 
421 aa  96.7  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  29.5 
 
 
364 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2958  acetylornithine deacetylase  28.31 
 
 
386 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0155668  normal  0.435017 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.97 
 
 
426 aa  95.5  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  23.43 
 
 
407 aa  94.7  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  29.29 
 
 
387 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.62 
 
 
404 aa  94  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.25 
 
 
433 aa  94  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71180  acetylornithine deacetylase  30.56 
 
 
384 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  30.43 
 
 
368 aa  94.4  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0268  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.87 
 
 
398 aa  94  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.305714  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02089  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.98 
 
 
390 aa  93.6  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.569859  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  27.38 
 
 
416 aa  93.6  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2475  acetylornithine deacetylase  26.12 
 
 
420 aa  94  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0713768  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  26.63 
 
 
412 aa  93.6  6e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3737  acetylornithine deacetylase  26.24 
 
 
427 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.85 
 
 
397 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  27.7 
 
 
417 aa  91.3  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  23.26 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.2 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  24.38 
 
 
426 aa  92  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  26.14 
 
 
415 aa  92  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2203  acetylornithine deacetylase  28.61 
 
 
386 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.96 
 
 
396 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  28.62 
 
 
374 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3571  acetylornithine deacetylase  28.61 
 
 
391 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  27.78 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.24 
 
 
395 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2350  acetylornithine deacetylase  28.01 
 
 
386 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>