More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1892 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  100 
 
 
407 aa  827    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  65.27 
 
 
407 aa  552  1e-156  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  53.73 
 
 
396 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  53.37 
 
 
396 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.21 
 
 
404 aa  421  1e-116  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  48.54 
 
 
421 aa  387  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0113  diaminopimelate aminotransferase  45.23 
 
 
413 aa  368  1e-101  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.239854  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  45.41 
 
 
411 aa  350  3e-95  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  41.03 
 
 
409 aa  348  7e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  40.25 
 
 
410 aa  345  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  43.32 
 
 
411 aa  342  8e-93  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1333  diaminopimelate aminotransferase  40.05 
 
 
407 aa  335  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546409  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  40.39 
 
 
406 aa  330  4e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  44.42 
 
 
423 aa  320  3e-86  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  39.19 
 
 
411 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  38.27 
 
 
413 aa  309  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  44.28 
 
 
415 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  44.61 
 
 
415 aa  305  7e-82  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  44.28 
 
 
415 aa  305  8.000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  43.8 
 
 
415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  36.19 
 
 
409 aa  300  4e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.61 
 
 
395 aa  144  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27 
 
 
398 aa  139  8.999999999999999e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.15 
 
 
399 aa  138  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.12 
 
 
410 aa  126  6e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.76 
 
 
398 aa  120  3e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.84 
 
 
433 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.4 
 
 
375 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.87 
 
 
387 aa  114  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1359  acetylornithine deacetylase  28.35 
 
 
404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2793  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.32 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.368215 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  29.91 
 
 
379 aa  110  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.6 
 
 
375 aa  110  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.93 
 
 
374 aa  109  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.93 
 
 
374 aa  109  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3448  peptidase M20  25.64 
 
 
419 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.13 
 
 
375 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1956  acetylornithine deacetylase  27.71 
 
 
411 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000205463  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.95 
 
 
442 aa  107  4e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.11 
 
 
402 aa  106  8e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.38 
 
 
375 aa  106  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.57 
 
 
375 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.57 
 
 
375 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.57 
 
 
375 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2086  acetylornithine deacetylase  26.54 
 
 
405 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.742076  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.38 
 
 
425 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.57 
 
 
375 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  26.5 
 
 
376 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.87 
 
 
382 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  26.72 
 
 
374 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.3 
 
 
386 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.87 
 
 
382 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.6 
 
 
378 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
375 aa  104  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1262  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
389 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0937611  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  29.41 
 
 
406 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3317  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
389 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0116246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2405  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
405 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1493  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
405 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2363  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
405 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2514  acetylornithine deacetylase  27.07 
 
 
405 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.378081  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1990  acetylornithine deacetylase  27.3 
 
 
586 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0817562  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2083  acetylornithine deacetylase  27.39 
 
 
388 aa  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.151989  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 
375 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.32 
 
 
375 aa  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.32 
 
 
413 aa  103  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.17 
 
 
391 aa  103  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.68 
 
 
433 aa  103  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6134  acetylornithine deacetylase  29.13 
 
 
406 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1945  acetylornithine deacetylase  29.13 
 
 
406 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  23.68 
 
 
409 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.39 
 
 
365 aa  102  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.119075  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.12 
 
 
378 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1969  acetylornithine deacetylase  27.27 
 
 
406 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.850845  normal  0.0303442 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1933  acetylornithine deacetylase  29.12 
 
 
406 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0058469  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.81 
 
 
391 aa  101  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
377 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.42 
 
 
382 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.42 
 
 
395 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.39 
 
 
377 aa  100  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0420  putative acetylornithine deacetylase  23.97 
 
 
382 aa  99.8  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.02 
 
 
375 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.02 
 
 
375 aa  99.4  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  27.17 
 
 
374 aa  99.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.37 
 
 
389 aa  99.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5256  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
406 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000221107  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0364  acetylornithine deacetylase  27.11 
 
 
388 aa  99  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.216461  normal  0.359815 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  24.7 
 
 
422 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  26.25 
 
 
467 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.01 
 
 
366 aa  98.6  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.94 
 
 
377 aa  98.2  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>