More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_16490 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_16490  iron-only hydrogenase maturation protein HydF  100 
 
 		 416 aa  848    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.520712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0042  small GTP-binding protein  58.5 
 
 		 400 aa  480  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2081  small GTP-binding protein  49.88 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000627073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0683  small GTP-binding protein  50.13 
 
 		 408 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00203334  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0183  small GTP-binding protein  51 
 
 		 408 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  47.9 
 
 		 403 aa  388  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1569  small GTP-binding protein  47.65 
 
 		 407 aa  387  1e-106  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.627873  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19310  small GTP-binding protein  48.4 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00194835  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0165  small GTP-binding protein  49.13 
 
 		 427 aa  377  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2152  small GTP-binding protein  48.51 
 
 		 409 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1277  small GTP-binding protein domain-containing protein  48.76 
 
 		 405 aa  374  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038791  hitchhiker  0.00000385407 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0318  small GTP-binding protein domain-containing protein  47.03 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1243  small GTP-binding protein  48.88 
 
 		 425 aa  371  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0146  small GTP-binding protein  49.26 
 
 		 398 aa  359  5e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0325934  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2276  small GTP-binding protein domain-containing protein  47.51 
 
 		 400 aa  353  4e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1843  small GTP-binding protein  46.81 
 
 		 422 aa  346  5e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1629  GTPases  44.42 
 
 		 416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232915  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2638  small GTP-binding protein  43.43 
 
 		 394 aa  333  4e-90  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0106  GTP-binding protein  40 
 
 		 440 aa  333  4e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0103  GTP-binding protein  40.23 
 
 		 440 aa  332  7.000000000000001e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228129  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3103  small GTP-binding protein  41.71 
 
 		 396 aa  331  1e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3256  small GTP-binding protein  44.88 
 
 		 412 aa  330  3e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00305193  hitchhiker  0.00001491 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1494  small GTP-binding protein  45.16 
 
 		 412 aa  329  6e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0705  small GTP-binding protein  44.75 
 
 		 412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131335  hitchhiker  0.000692522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3926  GTP-binding protein  45.73 
 
 		 394 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1387  small GTP-binding protein  42.33 
 
 		 410 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0475  small GTP-binding protein  42.57 
 
 		 404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0490  small GTP-binding protein  42.57 
 
 		 404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0245  small GTP-binding protein  43.5 
 
 		 403 aa  318  1e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31412  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1862  small GTP-binding protein  41 
 
 		 398 aa  312  6.999999999999999e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.803475  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1361  small GTP-binding protein  39.95 
 
 		 396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.311924  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1501  small GTP-binding protein  42.82 
 
 		 408 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.206775  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0266  small GTP-binding protein  38.5 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.410874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0272  small GTP-binding protein  36.43 
 
 		 382 aa  253  6e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.934792  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1098  small GTP-binding protein domain-containing protein  36.73 
 
 		 262 aa  155  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  88.6  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  38.99 
 
 		 478 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2181  GTP-binding protein Era  35.63 
 
 		 451 aa  87.4  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 458 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1291  GTP-binding protein Era  37.95 
 
 		 449 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.537318 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  32.83 
 
 		 462 aa  84.7  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  39.02 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  33.54 
 
 		 459 aa  83.2  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  34.76 
 
 		 457 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  37.95 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0104  tRNA modification GTPase TrmE  37.91 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 453 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 453 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 461 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0062  GTP-binding protein EngA  34.97 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  32.03 
 
 		 461 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 479 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  32.81 
 
 		 460 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 453 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  32.81 
 
 		 460 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.32 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  34.81 
 
 		 463 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  31.67 
 
 		 471 aa  78.2  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  34.62 
 
 		 454 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2453  tRNA modification GTPase TrmE  35.19 
 
 		 450 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  31.03 
 
 		 463 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  35 
 
 		 464 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  32.69 
 
 		 458 aa  77.4  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 458 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  36.75 
 
 		 466 aa  77  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  31.98 
 
 		 460 aa  76.6  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  30.05 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1344  GTP-binding protein Era  30.06 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000010527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 453 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3787  GTP-binding protein Era  33.14 
 
 		 468 aa  76.3  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.0434052 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0314  tRNA modification GTPase TrmE  36.59 
 
 		 450 aa  75.9  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00576337  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0600  GTP-binding protein Era  36.59 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0138  GTP-binding protein Era  38.66 
 
 		 300 aa  76.3  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  30 
 
 		 447 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0646  GTP-binding protein Era  31.08 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.601606  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  33.97 
 
 		 454 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 455 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12510  GTP-binding protein Era  30.77 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  35 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.41 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  32.64 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2008  GTP-binding protein EngA  33.54 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1726  GTP-binding protein EngA  33.54 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.138722  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14421  GTP-binding protein Era  30.54 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2243  tRNA modification GTPase TrmE  32.65 
 
 		 488 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  32.65 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3547  tRNA modification GTPase TrmE  32.65 
 
 		 488 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3395  tRNA modification GTPase TrmE  32.65 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.408647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0504  GTP-binding protein EngA  36.14 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1809  small GTP-binding protein  33.74 
 
 		 446 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000018958  normal  0.445899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>