More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3256 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3926  GTP-binding protein  89.31 
 
 		 394 aa  731    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3256  small GTP-binding protein  100 
 
 		 412 aa  845    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00305193  hitchhiker  0.00001491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0705  small GTP-binding protein  96.6 
 
 		 412 aa  822    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131335  hitchhiker  0.000692522 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2276  small GTP-binding protein domain-containing protein  60.3 
 
 		 400 aa  497  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1243  small GTP-binding protein  51.51 
 
 		 425 aa  402  1e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1843  small GTP-binding protein  50.76 
 
 		 422 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2152  small GTP-binding protein  51.26 
 
 		 409 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1629  GTPases  48.74 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232915  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0165  small GTP-binding protein  50.75 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0318  small GTP-binding protein domain-containing protein  49.62 
 
 		 402 aa  389  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0183  small GTP-binding protein  50.38 
 
 		 408 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1494  small GTP-binding protein  49.75 
 
 		 412 aa  385  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1277  small GTP-binding protein domain-containing protein  50.38 
 
 		 405 aa  382  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038791  hitchhiker  0.00000385407 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0683  small GTP-binding protein  48.49 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00203334  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19310  small GTP-binding protein  48.28 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00194835  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2081  small GTP-binding protein  48.88 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000627073  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0042  small GTP-binding protein  49.62 
 
 		 400 aa  371  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1569  small GTP-binding protein  46.46 
 
 		 407 aa  366  1e-100  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.627873  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  47.1 
 
 		 403 aa  363  3e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1387  small GTP-binding protein  48.37 
 
 		 410 aa  363  4e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0490  small GTP-binding protein  46.33 
 
 		 404 aa  362  8e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0475  small GTP-binding protein  46.33 
 
 		 404 aa  362  8e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0146  small GTP-binding protein  47.85 
 
 		 398 aa  346  4e-94  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0325934  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1501  small GTP-binding protein  46.72 
 
 		 408 aa  346  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.206775  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0245  small GTP-binding protein  44.47 
 
 		 403 aa  343  4e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31412  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3103  small GTP-binding protein  45.55 
 
 		 396 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1361  small GTP-binding protein  43.47 
 
 		 396 aa  338  8e-92  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.311924  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0103  GTP-binding protein  40.91 
 
 		 440 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228129  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0106  GTP-binding protein  41.14 
 
 		 440 aa  336  3.9999999999999995e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16490  iron-only hydrogenase maturation protein HydF  44.88 
 
 		 416 aa  330  3e-89  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.520712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1862  small GTP-binding protein  41.83 
 
 		 398 aa  324  1e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.803475  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2638  small GTP-binding protein  41.84 
 
 		 394 aa  311  2e-83  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0266  small GTP-binding protein  39.48 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.410874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0272  small GTP-binding protein  38.42 
 
 		 382 aa  246  6e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.934792  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1098  small GTP-binding protein domain-containing protein  44.16 
 
 		 262 aa  181  2e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0193  GTP-binding protein EngA  34.39 
 
 		 495 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2263  GTP-binding protein EngA  34.46 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0314  tRNA modification GTPase TrmE  34.62 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00576337  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2662  small GTP-binding protein  34.94 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.144738  hitchhiker  0.00576403 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1477  GTP-binding protein EngA  32.76 
 
 		 454 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  32.19 
 
 		 464 aa  76.3  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  31.79 
 
 		 481 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0916  small GTP-binding protein  36.97 
 
 		 439 aa  75.9  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.704291  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  32.19 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3526  GTP-binding protein EngA  32.4 
 
 		 494 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.928011 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  32.08 
 
 		 452 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1438  small GTP-binding protein domain-containing protein  35.19 
 
 		 437 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000421865  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  31.76 
 
 		 481 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1412  GTP-binding protein Era  30.3 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000752923  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  30.99 
 
 		 448 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 453 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 453 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2008  GTP-binding protein EngA  32.91 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1726  GTP-binding protein EngA  32.91 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.138722  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  33.13 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0062  GTP-binding protein EngA  31.9 
 
 		 455 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  34.55 
 
 		 453 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 453 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1753  ribosome-associated GTPase EngA  29.94 
 
 		 477 aa  73.2  0.000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1497  small GTP-binding protein  40 
 
 		 476 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.642777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1965  tRNA modification GTPase TrmE  35.92 
 
 		 468 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  35.17 
 
 		 468 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0160  GTP-binding protein Era  34.2 
 
 		 311 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.709103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  34.36 
 
 		 478 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  34.71 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2632  small GTP-binding protein  32.37 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  34.29 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2146  GTP-binding protein EngA  31.28 
 
 		 493 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  34.29 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4041  tRNA modification GTPase TrmE  32.95 
 
 		 449 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.934487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0738  GTP-binding protein Era  30.43 
 
 		 301 aa  72  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.979215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 466 aa  72  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  33.13 
 
 		 457 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  34.36 
 
 		 446 aa  71.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0777  GTP-binding protein EngA  31.76 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  31.06 
 
 		 446 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2143  GTP-binding protein EngA  32.96 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1462  GTP-binding protein Era  30.73 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  33.14 
 
 		 467 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4483  GTP-binding protein Era  29.69 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  33.14 
 
 		 467 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 453 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1937  GTP-binding protein EngA  33.69 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  33.14 
 
 		 467 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  33.94 
 
 		 453 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1609  GTP-binding protein EngA  33.69 
 
 		 449 aa  70.9  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0528486 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0392  GTP-binding protein EngA  31.58 
 
 		 494 aa  70.5  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  33.14 
 
 		 454 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  33.14 
 
 		 454 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1395  GTP-binding protein EngA  36.94 
 
 		 441 aa  70.1  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>