More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2081 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2081  small GTP-binding protein  100 
 
 		 416 aa  842    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000627073  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0042  small GTP-binding protein  67 
 
 		 400 aa  546  1e-154  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0683  small GTP-binding protein  57.56 
 
 		 408 aa  481  1e-134  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00203334  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  55.86 
 
 		 403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2152  small GTP-binding protein  53.62 
 
 		 409 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0183  small GTP-binding protein  53.03 
 
 		 408 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0165  small GTP-binding protein  51.95 
 
 		 427 aa  431  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1277  small GTP-binding protein domain-containing protein  51 
 
 		 405 aa  428  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038791  hitchhiker  0.00000385407 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1243  small GTP-binding protein  52.45 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0318  small GTP-binding protein domain-containing protein  49.75 
 
 		 402 aa  426  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1569  small GTP-binding protein  54.34 
 
 		 407 aa  420  1e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.627873  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16490  iron-only hydrogenase maturation protein HydF  49.88 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.520712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19310  small GTP-binding protein  48.65 
 
 		 411 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00194835  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1843  small GTP-binding protein  48.14 
 
 		 422 aa  386  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2276  small GTP-binding protein domain-containing protein  48.38 
 
 		 400 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1629  GTPases  45.99 
 
 		 416 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232915  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0705  small GTP-binding protein  48.63 
 
 		 412 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131335  hitchhiker  0.000692522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1494  small GTP-binding protein  47.28 
 
 		 412 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3256  small GTP-binding protein  48.88 
 
 		 412 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00305193  hitchhiker  0.00001491 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3926  GTP-binding protein  49.24 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0146  small GTP-binding protein  47.87 
 
 		 398 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0325934  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1387  small GTP-binding protein  43.83 
 
 		 410 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0106  GTP-binding protein  45.21 
 
 		 440 aa  352  8.999999999999999e-96  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0103  GTP-binding protein  45.21 
 
 		 440 aa  349  6e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228129  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0490  small GTP-binding protein  44.19 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0475  small GTP-binding protein  44.19 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0245  small GTP-binding protein  44.3 
 
 		 403 aa  342  5e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31412  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3103  small GTP-binding protein  44.22 
 
 		 396 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1361  small GTP-binding protein  43.04 
 
 		 396 aa  332  1e-89  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.311924  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1501  small GTP-binding protein  41.85 
 
 		 408 aa  323  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.206775  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1862  small GTP-binding protein  42.47 
 
 		 398 aa  323  4e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.803475  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2638  small GTP-binding protein  41.52 
 
 		 394 aa  305  1.0000000000000001e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0266  small GTP-binding protein  44.76 
 
 		 377 aa  297  2e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.410874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0272  small GTP-binding protein  41.84 
 
 		 382 aa  274  3e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.934792  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1098  small GTP-binding protein domain-containing protein  41.41 
 
 		 262 aa  172  1e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  32.18 
 
 		 446 aa  83.2  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  34.71 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  40.13 
 
 		 458 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0193  GTP-binding protein EngA  38.78 
 
 		 495 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  34.71 
 
 		 464 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 448 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  33.15 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  34.94 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  33.13 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3233  tRNA modification GTPase TrmE  33.53 
 
 		 467 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  34.12 
 
 		 464 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  39.49 
 
 		 458 aa  80.1  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  34.12 
 
 		 464 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  32.12 
 
 		 475 aa  79.7  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  31.76 
 
 		 489 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  33.13 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  34.68 
 
 		 464 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  31.76 
 
 		 464 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  34.12 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  32 
 
 		 482 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  35.26 
 
 		 464 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  36 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  32.93 
 
 		 452 aa  77  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  31.03 
 
 		 481 aa  76.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  41.6 
 
 		 460 aa  76.6  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  34.08 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  33.52 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  33.52 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 467 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  35.03 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2263  GTP-binding protein EngA  37.6 
 
 		 506 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 467 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 467 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  33.52 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  33.52 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  35.8 
 
 		 454 aa  75.5  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3395  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.408647  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0307  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0138  GTP-binding protein Era  27.38 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0062  GTP-binding protein EngA  39.2 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0111  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3535  GTP-binding protein Era  26.78 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  32.4 
 
 		 452 aa  74.7  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0940  GTP-binding proten HflX  31.76 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  32.96 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1048  GTP-binding protein  31.76 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 473 aa  74.3  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1224  ribosome-associated GTPase EngA  34.78 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2842  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 488 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00155334  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 452 aa  74.3  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  32.96 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2243  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 488 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  32.96 
 
 		 454 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3547  tRNA modification GTPase TrmE  32.94 
 
 		 488 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  35.16 
 
 		 458 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  38.4 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  32.58 
 
 		 462 aa  73.2  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  32.78 
 
 		 454 aa  73.2  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  31.79 
 
 		 454 aa  73.2  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  32.14 
 
 		 454 aa  73.2  0.000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>