More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3213 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  85.84 
 
 		 466 aa  783    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  97.84 
 
 		 464 aa  896    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2243  tRNA modification GTPase TrmE  85.3 
 
 		 488 aa  766    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3395  tRNA modification GTPase TrmE  87.79 
 
 		 467 aa  765    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.408647  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  99.57 
 
 		 464 aa  911    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2842  tRNA modification GTPase TrmE  85.3 
 
 		 488 aa  766    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00155334  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0307  tRNA modification GTPase TrmE  87.58 
 
 		 467 aa  743    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  98.06 
 
 		 464 aa  899    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3547  tRNA modification GTPase TrmE  85.3 
 
 		 488 aa  766    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3233  tRNA modification GTPase TrmE  87.58 
 
 		 467 aa  770    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0111  tRNA modification GTPase TrmE  87.79 
 
 		 467 aa  765    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  85.34 
 
 		 464 aa  786    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  87.79 
 
 		 467 aa  765    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  97.84 
 
 		 464 aa  897    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  85.78 
 
 		 464 aa  791    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  95.26 
 
 		 464 aa  874    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 489 aa  969    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  97.84 
 
 		 464 aa  897    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  71.63 
 
 		 481 aa  632  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  70.54 
 
 		 481 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 		 481 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  69.83 
 
 		 475 aa  593  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  67.93 
 
 		 475 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  65.26 
 
 		 486 aa  569  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  65.05 
 
 		 467 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  64.03 
 
 		 473 aa  558  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  64.48 
 
 		 482 aa  561  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  62.39 
 
 		 469 aa  548  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  62.86 
 
 		 471 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  57.26 
 
 		 478 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  58.08 
 
 		 478 aa  530  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3824  tRNA modification GTPase TrmE  62.22 
 
 		 480 aa  524  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  62.96 
 
 		 448 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5011  tRNA modification GTPase TrmE  60.49 
 
 		 490 aa  518  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  64.29 
 
 		 448 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4384  tRNA modification GTPase TrmE  62.19 
 
 		 479 aa  495  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000178893 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  58.73 
 
 		 446 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  57.97 
 
 		 452 aa  481  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  61.12 
 
 		 446 aa  465  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  54.08 
 
 		 455 aa  462  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  51.72 
 
 		 457 aa  459  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  55.63 
 
 		 454 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  55.48 
 
 		 454 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  55.27 
 
 		 454 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  55.63 
 
 		 454 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  54.41 
 
 		 454 aa  456  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  54.47 
 
 		 454 aa  455  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  54.62 
 
 		 454 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  51.56 
 
 		 475 aa  456  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  54.41 
 
 		 454 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  54.04 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  54.04 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  54 
 
 		 464 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  54.04 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 		 454 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  52.92 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  53.13 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  50.97 
 
 		 454 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  53.83 
 
 		 454 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  54.86 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  54.06 
 
 		 454 aa  450  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  53.85 
 
 		 467 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  53.85 
 
 		 467 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  53.85 
 
 		 467 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  54.88 
 
 		 452 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  53.85 
 
 		 454 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  53.85 
 
 		 454 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  52.35 
 
 		 462 aa  443  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  53.46 
 
 		 455 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  53.02 
 
 		 460 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  51.5 
 
 		 456 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  52.04 
 
 		 453 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  53.21 
 
 		 455 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  51.94 
 
 		 448 aa  430  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  53 
 
 		 456 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  52.79 
 
 		 456 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  50.54 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  51.4 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  53.76 
 
 		 455 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  52.58 
 
 		 456 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  50.76 
 
 		 453 aa  425  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  52.22 
 
 		 456 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  49.68 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  51.62 
 
 		 453 aa  425  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  51.28 
 
 		 455 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  52.22 
 
 		 456 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  52.22 
 
 		 456 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  49.68 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  53.19 
 
 		 455 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  49.24 
 
 		 453 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 459 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  49.24 
 
 		 453 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  49.04 
 
 		 479 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  52.21 
 
 		 456 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>