More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3926 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3926  GTP-binding protein  100 
 
 		 394 aa  806    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3256  small GTP-binding protein  89.31 
 
 		 412 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00305193  hitchhiker  0.00001491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0705  small GTP-binding protein  88.55 
 
 		 412 aa  726    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131335  hitchhiker  0.000692522 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2276  small GTP-binding protein domain-containing protein  59.23 
 
 		 400 aa  479  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1629  GTPases  49.23 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1843  small GTP-binding protein  50 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0183  small GTP-binding protein  51.03 
 
 		 408 aa  385  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1243  small GTP-binding protein  50.38 
 
 		 425 aa  384  1e-105  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2152  small GTP-binding protein  50.13 
 
 		 409 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1494  small GTP-binding protein  50.39 
 
 		 412 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0165  small GTP-binding protein  50.9 
 
 		 427 aa  377  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0318  small GTP-binding protein domain-containing protein  49.74 
 
 		 402 aa  376  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0042  small GTP-binding protein  50.26 
 
 		 400 aa  375  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0683  small GTP-binding protein  47.57 
 
 		 408 aa  372  1e-102  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00203334  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2081  small GTP-binding protein  49.24 
 
 		 416 aa  369  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000627073  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1277  small GTP-binding protein domain-containing protein  49.11 
 
 		 405 aa  364  1e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038791  hitchhiker  0.00000385407 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19310  small GTP-binding protein  47.21 
 
 		 411 aa  362  5.0000000000000005e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00194835  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1569  small GTP-binding protein  46.27 
 
 		 407 aa  362  8e-99  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.627873  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0490  small GTP-binding protein  45.69 
 
 		 404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0475  small GTP-binding protein  45.69 
 
 		 404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  46.67 
 
 		 403 aa  356  3.9999999999999996e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1387  small GTP-binding protein  47.06 
 
 		 410 aa  345  6e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0245  small GTP-binding protein  45.34 
 
 		 403 aa  342  9e-93  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31412  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3103  small GTP-binding protein  44.96 
 
 		 396 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1361  small GTP-binding protein  42.17 
 
 		 396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.311924  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0146  small GTP-binding protein  47.83 
 
 		 398 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0325934  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1501  small GTP-binding protein  45.92 
 
 		 408 aa  328  9e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.206775  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16490  iron-only hydrogenase maturation protein HydF  45.73 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.520712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0103  GTP-binding protein  41.63 
 
 		 440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228129  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0106  GTP-binding protein  41.86 
 
 		 440 aa  326  3e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1862  small GTP-binding protein  42.03 
 
 		 398 aa  322  6e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.803475  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2638  small GTP-binding protein  40.26 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0266  small GTP-binding protein  39.74 
 
 		 377 aa  260  2e-68  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.410874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0272  small GTP-binding protein  38.01 
 
 		 382 aa  248  1e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.934792  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1098  small GTP-binding protein domain-containing protein  44.16 
 
 		 262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0193  GTP-binding protein EngA  34.39 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0314  tRNA modification GTPase TrmE  36.77 
 
 		 450 aa  80.1  0.00000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00576337  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  32.88 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 452 aa  77  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  32.88 
 
 		 464 aa  77  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2263  GTP-binding protein EngA  34.39 
 
 		 506 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2146  GTP-binding protein EngA  32.96 
 
 		 493 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1462  GTP-binding protein Era  35.95 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1412  GTP-binding protein Era  32.03 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000752923  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0062  GTP-binding protein EngA  33.12 
 
 		 455 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2846  GTP-binding protein EngA  33.73 
 
 		 473 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.64271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3526  GTP-binding protein EngA  33.52 
 
 		 494 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.928011 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0117  tRNA modification GTPase TrmE  35.26 
 
 		 455 aa  74.7  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0738  GTP-binding protein Era  30.19 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.979215  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  32.97 
 
 		 481 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  32.95 
 
 		 481 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3505  GTP-binding protein EngA  36.59 
 
 		 459 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0442058  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4041  tRNA modification GTPase TrmE  34.97 
 
 		 449 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.934487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0692  GTP-binding protein EngA  32.12 
 
 		 470 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1477  GTP-binding protein EngA  29.94 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0916  small GTP-binding protein  34.45 
 
 		 439 aa  71.6  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.704291  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2246  small GTP-binding protein  32.56 
 
 		 496 aa  72  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2279  GTP-binding protein EngA  35.77 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0830899  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3005  GTP-binding protein EngA  32.14 
 
 		 460 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.325  normal  0.428179 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1438  small GTP-binding protein domain-containing protein  36.48 
 
 		 437 aa  72  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000421865  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1965  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 468 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3776  GTP-binding protein EngA  36.51 
 
 		 456 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0350234  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0777  GTP-binding protein EngA  32.34 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3751  GTP-binding protein EngA  32.78 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  32.73 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  32.73 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2662  small GTP-binding protein  32.35 
 
 		 453 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.144738  hitchhiker  0.00576403 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02071  tRNA modification GTPase TrmE  34.38 
 
 		 455 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.828373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1348  GTP-binding protein Era  31.29 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44322  predicted protein  39.37 
 
 		 555 aa  70.9  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00480829  normal  0.0297324 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2632  small GTP-binding protein  32.52 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  36.65 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  70.9  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2448  GTP-binding protein EngA  35.77 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14966  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  32.73 
 
 		 479 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  33.53 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1203  small GTP-binding protein  37.33 
 
 		 490 aa  70.9  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.996743  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1395  GTP-binding protein EngA  36.13 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  32.73 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1177  GTP-binding protein  36.13 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  33.53 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2453  tRNA modification GTPase TrmE  40.16 
 
 		 450 aa  70.1  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1686  GTP-binding protein EngA  35.77 
 
 		 460 aa  70.1  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0325003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2498  GTP-binding protein EngA  32.22 
 
 		 602 aa  70.1  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3115  GTP-binding protein EngA  37.1 
 
 		 474 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 475 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2479  GTP-binding protein Era  31.41 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.080148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2545  GTP-binding protein EngA  30.51 
 
 		 458 aa  69.7  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3381  GTP-binding protein EngA  33.33 
 
 		 441 aa  69.7  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000285965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2008  GTP-binding protein EngA  31.65 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1726  GTP-binding protein EngA  31.65 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.138722  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1630  small GTP-binding protein  30.98 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.52918  hitchhiker  0.00197431 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0488  GTP-binding protein EngA  34.92 
 
 		 483 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0435  GTP-binding protein EngA  30.43 
 
 		 460 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3492  small GTP-binding protein  34.11 
 
 		 473 aa  68.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.166224 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  34.36 
 
 		 478 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0863  GTP-binding protein EngA  35.54 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.145711  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0409  GTP-binding protein EngA  30.43 
 
 		 460 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  34.55 
 
 		 453 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>