More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0886 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 478 aa  929    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1915  tRNA modification GTPase TrmE  66.95 
 
 		 457 aa  558  1e-158  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.410866  normal  0.314403 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  64.58 
 
 		 468 aa  531  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  54.39 
 
 		 461 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1965  tRNA modification GTPase TrmE  54.71 
 
 		 468 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3159  tRNA modification GTPase TrmE  52.64 
 
 		 457 aa  437  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 459 aa  334  3e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  43.01 
 
 		 456 aa  333  5e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  37.89 
 
 		 460 aa  328  9e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  44.4 
 
 		 462 aa  325  8.000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  36.69 
 
 		 461 aa  323  4e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  37.63 
 
 		 458 aa  323  6e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  37.63 
 
 		 458 aa  322  9.000000000000001e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  37.03 
 
 		 461 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 461 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  41.34 
 
 		 457 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  43.65 
 
 		 464 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  35.85 
 
 		 463 aa  315  9e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  36.04 
 
 		 460 aa  311  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  40.5 
 
 		 461 aa  310  4e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  35.94 
 
 		 455 aa  310  5e-83  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  43.04 
 
 		 454 aa  309  8e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  40.5 
 
 		 455 aa  309  9e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 455 aa  306  6e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  40.12 
 
 		 455 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 458 aa  303  5.000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  36.06 
 
 		 458 aa  301  1e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 456 aa  301  1e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  43.21 
 
 		 471 aa  302  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  38.92 
 
 		 462 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  43.21 
 
 		 460 aa  300  5e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  35.85 
 
 		 458 aa  299  8e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  37.79 
 
 		 459 aa  298  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 459 aa  296  4e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  36.12 
 
 		 461 aa  296  6e-79  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 464 aa  294  2e-78  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  35.7 
 
 		 462 aa  294  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 458 aa  290  4e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 458 aa  290  4e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  34.59 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  34.59 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  35.01 
 
 		 458 aa  289  6e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 455 aa  289  8e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  36.69 
 
 		 456 aa  289  9e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  39.29 
 
 		 463 aa  289  1e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 450 aa  289  1e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  41.46 
 
 		 458 aa  288  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  38.32 
 
 		 473 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2572  GTPase  38.11 
 
 		 459 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.329632  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  38.99 
 
 		 459 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  43.63 
 
 		 461 aa  285  1.0000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 473 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  38.54 
 
 		 454 aa  283  6.000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  33.05 
 
 		 452 aa  281  1e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  35.42 
 
 		 458 aa  280  3e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 452 aa  280  4e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  35.64 
 
 		 450 aa  280  5e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 473 aa  279  8e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  40.71 
 
 		 456 aa  279  8e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  40.08 
 
 		 462 aa  279  9e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  37.68 
 
 		 476 aa  278  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  33.26 
 
 		 447 aa  277  4e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 460 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 456 aa  276  8e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  40.17 
 
 		 456 aa  275  9e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 460 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  39.62 
 
 		 475 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.55 
 
 		 456 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.05 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  38.51 
 
 		 462 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 455 aa  273  5.000000000000001e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  36.68 
 
 		 467 aa  273  6e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 464 aa  273  7e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  36.23 
 
 		 464 aa  273  7e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 454 aa  272  9e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  37.79 
 
 		 473 aa  271  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 446 aa  270  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 446 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 465 aa  269  7e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  39.54 
 
 		 467 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  39.54 
 
 		 467 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  36.69 
 
 		 475 aa  268  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  39.54 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  39.54 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  39.54 
 
 		 467 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  40.59 
 
 		 455 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  40.17 
 
 		 455 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  37.13 
 
 		 456 aa  267  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  39.38 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>