More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1965 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1965  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 468 aa  936    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  55.33 
 
 		 478 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1915  tRNA modification GTPase TrmE  53.29 
 
 		 457 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.410866  normal  0.314403 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  51.06 
 
 		 468 aa  413  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3159  tRNA modification GTPase TrmE  49.79 
 
 		 457 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  47.58 
 
 		 461 aa  387  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  35.46 
 
 		 459 aa  323  4e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  40.55 
 
 		 461 aa  316  6e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  34.68 
 
 		 460 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  34.12 
 
 		 458 aa  305  8.000000000000001e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  41.56 
 
 		 454 aa  305  1.0000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  43.15 
 
 		 471 aa  303  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  39.19 
 
 		 462 aa  302  7.000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 456 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.53 
 
 		 455 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  35.23 
 
 		 458 aa  299  7e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  41.49 
 
 		 464 aa  298  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  34.73 
 
 		 463 aa  298  2e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.79 
 
 		 454 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 458 aa  296  5e-79  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  35.31 
 
 		 461 aa  296  5e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  35.02 
 
 		 458 aa  296  5e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  36.58 
 
 		 461 aa  296  7e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 454 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  38.54 
 
 		 455 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 454 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.3 
 
 		 454 aa  295  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.71 
 
 		 462 aa  293  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 455 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  34.82 
 
 		 461 aa  293  7e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  34.53 
 
 		 460 aa  292  9e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 475 aa  291  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.94 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.94 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  34.81 
 
 		 462 aa  290  3e-77  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  290  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  290  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 454 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 454 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  34.97 
 
 		 456 aa  289  6e-77  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 454 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 454 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  39.53 
 
 		 456 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  35.18 
 
 		 447 aa  286  8e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.68 
 
 		 456 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  38.49 
 
 		 460 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 457 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 455 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 454 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.82 
 
 		 453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.79 
 
 		 454 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  34.75 
 
 		 459 aa  282  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  36.97 
 
 		 459 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  37.82 
 
 		 453 aa  282  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 464 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  39.15 
 
 		 455 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 454 aa  278  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  34.47 
 
 		 455 aa  278  1e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.29 
 
 		 455 aa  277  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  39.19 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  40.98 
 
 		 446 aa  277  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 456 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 456 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 456 aa  276  6e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  37.03 
 
 		 455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 453 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 462 aa  272  7e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 		 456 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0643  tRNA modification GTPase TrmE  40.38 
 
 		 452 aa  272  8.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.461676 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  36.05 
 
 		 455 aa  272  1e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 455 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  31.06 
 
 		 452 aa  271  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  32.91 
 
 		 459 aa  270  2.9999999999999997e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  36.6 
 
 		 453 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2572  GTPase  36.34 
 
 		 459 aa  271  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.329632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  34.26 
 
 		 455 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  35.08 
 
 		 464 aa  270  4e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  35.34 
 
 		 460 aa  270  4e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.38 
 
 		 453 aa  270  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  34.74 
 
 		 450 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  37.71 
 
 		 458 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  38.35 
 
 		 456 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2453  tRNA modification GTPase TrmE  41.43 
 
 		 450 aa  269  7e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0314  tRNA modification GTPase TrmE  38.11 
 
 		 450 aa  269  7e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00576337  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 464 aa  269  8e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  33.62 
 
 		 458 aa  269  8e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  33.48 
 
 		 461 aa  269  8e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  33.62 
 
 		 458 aa  269  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  37 
 
 		 463 aa  268  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  35.61 
 
 		 453 aa  269  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  36.73 
 
 		 444 aa  268  2e-70  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>