More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2030 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 460 aa  929    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  57.05 
 
 		 461 aa  536  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  57.27 
 
 		 458 aa  519  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  58.86 
 
 		 456 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  56.56 
 
 		 466 aa  509  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  54.37 
 
 		 469 aa  510  1e-143  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  54.98 
 
 		 472 aa  505  9.999999999999999e-143  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  52.86 
 
 		 455 aa  497  1e-139  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  55 
 
 		 455 aa  484  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  43.84 
 
 		 473 aa  391  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  44.42 
 
 		 518 aa  388  1e-106  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  44.83 
 
 		 475 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  44.88 
 
 		 462 aa  377  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  42.12 
 
 		 476 aa  364  2e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  42.03 
 
 		 473 aa  361  2e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  40.84 
 
 		 455 aa  356  5e-97  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  42.17 
 
 		 461 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  41.68 
 
 		 473 aa  351  2e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  40.17 
 
 		 473 aa  349  5e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  41.87 
 
 		 473 aa  347  2e-94  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 455 aa  344  2e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  39.61 
 
 		 461 aa  342  7e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 459 aa  341  2e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  40.39 
 
 		 462 aa  337  1.9999999999999998e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 458 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  41.74 
 
 		 458 aa  336  5.999999999999999e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  41.51 
 
 		 462 aa  335  9e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 459 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 459 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 458 aa  331  1e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 456 aa  332  1e-89  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 458 aa  331  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.83 
 
 		 459 aa  330  3e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 461 aa  330  3e-89  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  40.7 
 
 		 455 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 463 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  327  2.0000000000000001e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  40.87 
 
 		 462 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  39.14 
 
 		 460 aa  327  3e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  38.1 
 
 		 458 aa  325  8.000000000000001e-88  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 458 aa  324  2e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 458 aa  324  2e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 458 aa  324  2e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 458 aa  324  2e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 458 aa  323  5e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 458 aa  323  6e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 458 aa  322  6e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  41.05 
 
 		 447 aa  321  9.999999999999999e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 		 461 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 458 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 450 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 458 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 458 aa  318  2e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 463 aa  316  7e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  38.55 
 
 		 455 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 450 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  40.53 
 
 		 456 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 		 455 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 460 aa  312  9e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 		 454 aa  312  1e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 460 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  37.01 
 
 		 464 aa  307  2.0000000000000002e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 446 aa  306  7e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 464 aa  305  9.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 446 aa  305  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  36.52 
 
 		 459 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  37.71 
 
 		 464 aa  303  4.0000000000000003e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  36.18 
 
 		 444 aa  300  4e-80  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  37.44 
 
 		 475 aa  298  9e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 458 aa  298  9e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  36.56 
 
 		 452 aa  298  1e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 464 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  37.1 
 
 		 455 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 461 aa  298  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 460 aa  297  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 460 aa  297  3e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  41.13 
 
 		 461 aa  296  7e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 452 aa  295  8e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 456 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 454 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 467 aa  294  2e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 455 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  36.76 
 
 		 456 aa  294  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 452 aa  293  4e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 454 aa  293  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 456 aa  293  6e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 457 aa  292  7e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 		 453 aa  292  7e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  36.7 
 
 		 453 aa  292  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 		 453 aa  292  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 		 453 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  37.14 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  35.33 
 
 		 478 aa  291  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  36.32 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 455 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1260  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 449 aa  291  2e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 457 aa  290  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>