More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3159 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3159  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 457 aa  910    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  55.77 
 
 		 461 aa  461  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  54.55 
 
 		 468 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1915  tRNA modification GTPase TrmE  55.19 
 
 		 457 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.410866  normal  0.314403 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  52.43 
 
 		 478 aa  419  1e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1965  tRNA modification GTPase TrmE  49.26 
 
 		 468 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  44.02 
 
 		 464 aa  334  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  42.46 
 
 		 459 aa  333  4e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 459 aa  332  7.000000000000001e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  41.05 
 
 		 455 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 463 aa  319  6e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  39.61 
 
 		 458 aa  318  1e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  40.7 
 
 		 455 aa  318  2e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  43.48 
 
 		 461 aa  315  9e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 458 aa  312  9e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 454 aa  311  2e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  39.65 
 
 		 461 aa  310  4e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 458 aa  309  6.999999999999999e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  42.17 
 
 		 463 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 460 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  38.04 
 
 		 461 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 461 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  42.8 
 
 		 471 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  36.72 
 
 		 460 aa  304  3.0000000000000004e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  36.68 
 
 		 455 aa  303  6.000000000000001e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  39.35 
 
 		 455 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 456 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  41.94 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  40.17 
 
 		 456 aa  299  7e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  40.74 
 
 		 460 aa  299  7e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 454 aa  299  8e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  40.82 
 
 		 464 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 459 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 459 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  41.34 
 
 		 462 aa  296  4e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  39.31 
 
 		 453 aa  296  6e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  38.84 
 
 		 455 aa  296  6e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  38.69 
 
 		 459 aa  296  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  41.2 
 
 		 464 aa  296  7e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  39.66 
 
 		 454 aa  294  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 454 aa  294  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 459 aa  293  3e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 462 aa  293  3e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 454 aa  293  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 		 458 aa  292  8e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  39.66 
 
 		 454 aa  292  8e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.71 
 
 		 456 aa  292  9e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  39.44 
 
 		 454 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  36.76 
 
 		 458 aa  288  1e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  38.66 
 
 		 453 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 458 aa  288  1e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  288  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  36.76 
 
 		 458 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 460 aa  288  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 		 450 aa  288  2e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 460 aa  288  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  40.65 
 
 		 455 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  36.15 
 
 		 462 aa  286  4e-76  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  36.56 
 
 		 455 aa  286  4e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  39.01 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 455 aa  286  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 458 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  38.38 
 
 		 462 aa  286  5e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  39.01 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  39.01 
 
 		 454 aa  286  5.999999999999999e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 467 aa  286  5.999999999999999e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  286  7e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.71 
 
 		 456 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 		 456 aa  285  9e-76  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  39.35 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.83 
 
 		 475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  39.44 
 
 		 467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  39.44 
 
 		 467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  39.44 
 
 		 467 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  39.3 
 
 		 457 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  36.6 
 
 		 456 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 454 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 		 450 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 458 aa  284  3.0000000000000004e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  38.28 
 
 		 453 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  37.29 
 
 		 473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 464 aa  283  4.0000000000000003e-75  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 454 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  39.44 
 
 		 453 aa  283  5.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 446 aa  283  6.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>