More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1239 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  100 
 
 		 419 aa  862    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  33.78 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  33.78 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  29.22 
 
 		 432 aa  155  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  29.22 
 
 		 432 aa  155  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  29.22 
 
 		 432 aa  155  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  29.22 
 
 		 432 aa  155  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  33.93 
 
 		 304 aa  154  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  29.45 
 
 		 413 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  32.21 
 
 		 414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  34.83 
 
 		 409 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  31.06 
 
 		 405 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  31.15 
 
 		 408 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  30.72 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  26.88 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  27.38 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  33.22 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  33.22 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  33.22 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  27.16 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  32.66 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  35.91 
 
 		 325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  28.94 
 
 		 409 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  33.45 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  26.12 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  27.36 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  23.79 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  30.38 
 
 		 294 aa  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  31.62 
 
 		 410 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  31.79 
 
 		 381 aa  99  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 303 aa  98.2  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  29.31 
 
 		 295 aa  97.4  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.93 
 
 		 295 aa  97.4  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  25.19 
 
 		 508 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  25.19 
 
 		 508 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  23.56 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  26.9 
 
 		 412 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  40.83 
 
 		 255 aa  93.2  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.08 
 
 		 306 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 		 296 aa  92.8  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.42 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  28.42 
 
 		 515 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  25.34 
 
 		 425 aa  90.9  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.17 
 
 		 293 aa  90.1  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 302 aa  90.1  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.82 
 
 		 295 aa  89.4  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  89  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 298 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  27.82 
 
 		 293 aa  88.6  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 298 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.24 
 
 		 294 aa  87.4  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  87  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  87  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  87  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.97 
 
 		 301 aa  86.7  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.49 
 
 		 298 aa  86.3  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  25 
 
 		 290 aa  86.7  8e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.97 
 
 		 299 aa  86.7  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 298 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  31.37 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.71 
 
 		 311 aa  85.9  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  27.71 
 
 		 318 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  24.56 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.63 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.26 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.66 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  30.98 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.9 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.9 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.9 
 
 		 298 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.1 
 
 		 300 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  26.62 
 
 		 298 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  24.13 
 
 		 294 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  27.41 
 
 		 299 aa  82.8  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 298 aa  82.8  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  26.3 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  23.75 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  32.28 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.48 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.34 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  26.37 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.96 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.75 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.94 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  27.43 
 
 		 300 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>