More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1271 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  100 
 
 		 410 aa  825    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  40.05 
 
 		 411 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  39.37 
 
 		 403 aa  203  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  39.37 
 
 		 403 aa  203  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  39.37 
 
 		 403 aa  203  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  40.06 
 
 		 403 aa  203  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  34.39 
 
 		 395 aa  202  6e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  34.44 
 
 		 418 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  41.47 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  40.68 
 
 		 403 aa  196  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  34.16 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  34.84 
 
 		 508 aa  172  6.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  34.84 
 
 		 508 aa  172  6.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  38.22 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  33.5 
 
 		 515 aa  159  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  30.3 
 
 		 419 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  29.25 
 
 		 417 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  32.02 
 
 		 409 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  29.25 
 
 		 425 aa  145  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  30.87 
 
 		 394 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  31.4 
 
 		 412 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  34.92 
 
 		 412 aa  133  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  32.26 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  31.62 
 
 		 419 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  37.9 
 
 		 414 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  30.58 
 
 		 432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  30.58 
 
 		 432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  30.58 
 
 		 432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  30.58 
 
 		 432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  28.03 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  28.03 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  28.03 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  28.03 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  28.03 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  30.38 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 294 aa  109  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  29.49 
 
 		 405 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  31.3 
 
 		 408 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  33.45 
 
 		 409 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.95 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 		 299 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.25 
 
 		 299 aa  100  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.61 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.95 
 
 		 301 aa  99.4  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  27.67 
 
 		 301 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.39 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  27.6 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.09 
 
 		 295 aa  97.4  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.22 
 
 		 302 aa  96.3  8e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.24 
 
 		 295 aa  96.3  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.21 
 
 		 295 aa  96.3  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  28.18 
 
 		 297 aa  95.9  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 296 aa  95.5  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.44 
 
 		 296 aa  95.5  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  26.39 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  30.9 
 
 		 294 aa  94.4  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.73 
 
 		 302 aa  93.6  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 327 aa  93.2  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  26.48 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.46 
 
 		 300 aa  90.5  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 294 aa  90.5  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.44 
 
 		 296 aa  89.7  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29 
 
 		 298 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  26.47 
 
 		 310 aa  89.7  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.29 
 
 		 298 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  25.08 
 
 		 299 aa  89.4  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.45 
 
 		 298 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  28.76 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.01 
 
 		 311 aa  88.6  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.94 
 
 		 300 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  29.93 
 
 		 295 aa  88.2  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  25.9 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  29.79 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.71 
 
 		 313 aa  87.4  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  26.8 
 
 		 295 aa  87  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 318 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  27.27 
 
 		 297 aa  87  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 318 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 318 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 309 aa  87  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>