More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0770 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  100 
 
 		 417 aa  841    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  48.02 
 
 		 425 aa  351  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  42.18 
 
 		 418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  38.57 
 
 		 419 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  32.36 
 
 		 411 aa  180  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  33.17 
 
 		 395 aa  170  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  35.14 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  31.11 
 
 		 408 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  32.73 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  34.77 
 
 		 304 aa  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  33.12 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  33.12 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  33.12 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  30.16 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  29.25 
 
 		 410 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  30.02 
 
 		 508 aa  137  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  30.02 
 
 		 508 aa  137  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  28.82 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  30.05 
 
 		 515 aa  127  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  29.95 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  29.95 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  29.95 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  29.95 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  29.48 
 
 		 412 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  29.64 
 
 		 413 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  30.07 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  30.07 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  30.07 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  30.07 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  30.07 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  28.11 
 
 		 409 aa  106  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  34.08 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  26.39 
 
 		 394 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  27.97 
 
 		 414 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  33.02 
 
 		 325 aa  99  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  33.63 
 
 		 405 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  23.56 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.59 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  29.15 
 
 		 291 aa  90.1  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  27.02 
 
 		 634 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  26.9 
 
 		 299 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.34 
 
 		 299 aa  85.9  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  28.27 
 
 		 641 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.63 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.08 
 
 		 299 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.27 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  29.75 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.46 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  25.71 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.34 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  29.43 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  29.26 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  24.57 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.1 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1225  phage integrase family protein  32.22 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  26.98 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.26 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.11 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.46 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  22.72 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.46 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  24.4 
 
 		 298 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.74 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  24.4 
 
 		 298 aa  75.9  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1455  integrase family protein  28.2 
 
 		 365 aa  76.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  28.71 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  26.4 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  28.27 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.88 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.15 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  26.91 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  27.96 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  27.76 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  29.89 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  26.79 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.23 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.41 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.65 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0801  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.92 
 
 		 322 aa  72.8  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  24.07 
 
 		 307 aa  72.8  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.87 
 
 		 294 aa  72.8  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.21 
 
 		 300 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.28 
 
 		 313 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.6 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.8 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  28.17 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.91 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  27.22 
 
 		 171 aa  70.5  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  30.81 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>