More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8262 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  100 
 
 		 325 aa  666    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  98.23 
 
 		 255 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  32.78 
 
 		 408 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  36.43 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  36.43 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  36.43 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  36.43 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  36.99 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  35.46 
 
 		 411 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  31.49 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  33.86 
 
 		 419 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  34.42 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  32.01 
 
 		 395 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  30.61 
 
 		 413 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  30.93 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  34.08 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  35.91 
 
 		 419 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  31.82 
 
 		 418 aa  126  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  30.58 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  30.33 
 
 		 641 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  35.98 
 
 		 409 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  31.77 
 
 		 403 aa  119  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  35.32 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  34.86 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  34.86 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  34.86 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  28.08 
 
 		 634 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  32.26 
 
 		 410 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  33.75 
 
 		 171 aa  112  9e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  32.73 
 
 		 425 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  31.03 
 
 		 414 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  31.03 
 
 		 414 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  31.03 
 
 		 414 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  31.03 
 
 		 414 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  31.03 
 
 		 414 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  31.06 
 
 		 408 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  30.51 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  31.54 
 
 		 508 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  31.54 
 
 		 508 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  34.67 
 
 		 515 aa  103  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3692  integrase family protein  33.33 
 
 		 412 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  33.02 
 
 		 417 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  27.48 
 
 		 394 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  28.47 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.57 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1804  Integrase  27.12 
 
 		 400 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.222465  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0032  Integrase  27.12 
 
 		 400 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.857579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0312  Integrase  27.12 
 
 		 400 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0150741  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1333  Integrase  26.8 
 
 		 400 aa  89.4  7e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455073  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  29.12 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.53 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  26.48 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  28.96 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  32.02 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  26.83 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  29.33 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  30.33 
 
 		 412 aa  87.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  26.83 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  23 
 
 		 417 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.52 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.5 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.27 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  26.35 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  28.99 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  27.8 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  26.75 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.7 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.92 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.37 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.19 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  27.71 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  23.61 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.25 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.17 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.84 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07060  site-specific recombinase XerD  25.32 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.273434 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  28.83 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.91 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  23.89 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.03 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  22.68 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.92 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  26 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  23.49 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.84 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.84 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.84 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  27.03 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.84 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.03 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.03 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  26.17 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>