More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5406 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  100 
 
 		 381 aa  778    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  59.78 
 
 		 403 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  59.23 
 
 		 403 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  60.61 
 
 		 403 aa  428  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  59.23 
 
 		 403 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  59.23 
 
 		 403 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  37.7 
 
 		 411 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  37.4 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  30.94 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  36.15 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  30.16 
 
 		 417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  38.22 
 
 		 410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  30.72 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  35.86 
 
 		 515 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  34.42 
 
 		 325 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  34.57 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  31.79 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  30.83 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  31.96 
 
 		 508 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  31.96 
 
 		 508 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  30.98 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  30.98 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  30.98 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  30.98 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  30.98 
 
 		 414 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  32.3 
 
 		 412 aa  104  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  25.67 
 
 		 419 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  30.91 
 
 		 414 aa  102  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  26.61 
 
 		 408 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  34.03 
 
 		 255 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  31.79 
 
 		 419 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.75 
 
 		 296 aa  96.3  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 296 aa  96.3  8e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.7 
 
 		 295 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 296 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 		 295 aa  90.9  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.44 
 
 		 296 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.44 
 
 		 296 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  28.77 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  29.33 
 
 		 432 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  29.33 
 
 		 432 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  29.33 
 
 		 432 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  29.33 
 
 		 432 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  29.79 
 
 		 409 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.83 
 
 		 294 aa  87.4  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.58 
 
 		 300 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.62 
 
 		 301 aa  86.3  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 294 aa  85.9  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.09 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  27.56 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.44 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.4 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.11 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  26.74 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  26.97 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  32.84 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.45 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.09 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  28.89 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  28.57 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  27.62 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  31.19 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  27.62 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.09 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 		 302 aa  79.3  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.71 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.43 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.27 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.9 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.81 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.14 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.09 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.99 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  29.35 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  29 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>