More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6461 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  100 
 
 		 412 aa  823    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  32.91 
 
 		 403 aa  158  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  37.04 
 
 		 403 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  37.04 
 
 		 403 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  37.04 
 
 		 403 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  33.17 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  29.93 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  29.93 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  29.93 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  33.54 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  29.93 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  30.71 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  28.19 
 
 		 417 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  35.02 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  34.33 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  36.99 
 
 		 325 aa  137  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  33.78 
 
 		 408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  31.76 
 
 		 409 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  27.38 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  29.55 
 
 		 408 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  30.37 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  27.12 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  34.57 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  28.79 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  37.07 
 
 		 515 aa  127  5e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  31.85 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  33.02 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  31.05 
 
 		 508 aa  119  7e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  31.05 
 
 		 508 aa  119  7e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  34.92 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  28.71 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  35.57 
 
 		 394 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  29.41 
 
 		 405 aa  106  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  31.53 
 
 		 295 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  27.49 
 
 		 300 aa  104  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  30.58 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  28.67 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.02 
 
 		 347 aa  98.6  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.74 
 
 		 298 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 412 aa  96.7  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  32.8 
 
 		 332 aa  95.9  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 301 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 		 305 aa  95.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.33 
 
 		 305 aa  94.7  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  25.91 
 
 		 299 aa  94.7  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.24 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  29.45 
 
 		 297 aa  92.4  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.59 
 
 		 290 aa  91.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  28.71 
 
 		 303 aa  91.3  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  91.3  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  32.89 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 291 aa  90.9  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  32.12 
 
 		 294 aa  90.9  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 282 aa  89  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.94 
 
 		 296 aa  89.4  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 295 aa  88.6  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 315 aa  87.8  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  33.47 
 
 		 313 aa  88.2  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  35.25 
 
 		 318 aa  87.8  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 298 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.2 
 
 		 299 aa  87  5e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.73 
 
 		 296 aa  86.7  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  24.92 
 
 		 287 aa  86.7  7e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  32 
 
 		 299 aa  86.7  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 		 299 aa  86.7  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 		 299 aa  86.7  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 		 299 aa  86.7  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  29.39 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 296 aa  85.9  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 309 aa  86.3  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  29.39 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  26.82 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  30.29 
 
 		 313 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 303 aa  86.3  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  29.33 
 
 		 294 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.73 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0306  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.73 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.14 
 
 		 284 aa  85.1  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.99 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.73 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1918  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1924  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0242507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  29.26 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.16 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.67 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.12 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.27 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  31.39 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  31.92 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>