More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3698 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  100 
 
 		 508 aa  1031    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  100 
 
 		 508 aa  1031    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  45.8 
 
 		 515 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  37.79 
 
 		 408 aa  245  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  40.63 
 
 		 394 aa  243  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  38.26 
 
 		 304 aa  196  8.000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  33.42 
 
 		 411 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  31.51 
 
 		 395 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  34.24 
 
 		 410 aa  174  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  33.75 
 
 		 403 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  33.75 
 
 		 403 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  33.75 
 
 		 403 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  31.68 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  31.59 
 
 		 418 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  33.54 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  30.02 
 
 		 417 aa  146  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 409 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  31.05 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 412 aa  136  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  28.47 
 
 		 419 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  32.87 
 
 		 413 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  29.52 
 
 		 425 aa  133  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  30 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  30 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  30 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  30 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  31.96 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  30.1 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  31.34 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  31.34 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  31.34 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  31.34 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  31.34 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  31.89 
 
 		 414 aa  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  31.54 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  25.19 
 
 		 419 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  27.67 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  103  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  103  9e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  28.67 
 
 		 311 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  101  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  30.23 
 
 		 302 aa  101  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.6 
 
 		 299 aa  100  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.91 
 
 		 297 aa  99  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.6 
 
 		 299 aa  97.4  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.15 
 
 		 305 aa  97.1  8e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 299 aa  96.7  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  29.7 
 
 		 641 aa  96.7  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.15 
 
 		 294 aa  96.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  24.5 
 
 		 305 aa  95.5  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.89 
 
 		 301 aa  95.5  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  27.22 
 
 		 332 aa  95.1  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  28.52 
 
 		 309 aa  94.4  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 		 306 aa  94  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 309 aa  93.6  7e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 299 aa  93.6  8e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  29 
 
 		 313 aa  92.8  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  26.53 
 
 		 299 aa  92.4  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.92 
 
 		 336 aa  92  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.41 
 
 		 303 aa  92  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 299 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 343 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  91.3  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  26.64 
 
 		 297 aa  91.7  3e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 		 327 aa  91.3  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.99 
 
 		 307 aa  91.3  4e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  27.23 
 
 		 274 aa  90.9  5e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 298 aa  90.9  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  28.2 
 
 		 343 aa  90.5  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 298 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 298 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  30.29 
 
 		 313 aa  90.5  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 298 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 298 aa  90.1  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 311 aa  90.5  7e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.43 
 
 		 295 aa  90.1  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  28.87 
 
 		 295 aa  89.7  1e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  22.3 
 
 		 287 aa  89.4  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  29.27 
 
 		 292 aa  89.7  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 		 299 aa  89.4  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  24.48 
 
 		 296 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 298 aa  89  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 298 aa  89  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 299 aa  89  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 299 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 299 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 298 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  28.66 
 
 		 315 aa  89.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 298 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 295 aa  89  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  29.29 
 
 		 297 aa  88.2  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  26.37 
 
 		 295 aa  88.6  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.07 
 
 		 296 aa  88.2  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  29.13 
 
 		 318 aa  88.2  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  26.63 
 
 		 405 aa  87.8  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 301 aa  87.8  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>