195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4402 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4402  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 622 aa  1255    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4403  Type II secretory pathway component PulD-like  36.79 
 
 		 475 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0408  pilus (IV) biogenesis  32.26 
 
 		 460 aa  203  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00395349  hitchhiker  0.000223015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0965  Type II secretory pathway component PulD-like protein  24.4 
 
 		 510 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  27 
 
 		 569 aa  96.3  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  27.3 
 
 		 530 aa  95.5  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  27.33 
 
 		 559 aa  95.1  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  25.88 
 
 		 549 aa  94.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.51 
 
 		 561 aa  93.2  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.51 
 
 		 561 aa  93.2  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.61 
 
 		 567 aa  92.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  27.07 
 
 		 544 aa  92.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.51 
 
 		 561 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.54 
 
 		 577 aa  92.8  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.51 
 
 		 559 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.51 
 
 		 559 aa  90.9  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  29.04 
 
 		 561 aa  90.5  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.3 
 
 		 562 aa  90.1  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.51 
 
 		 559 aa  90.1  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.51 
 
 		 559 aa  90.1  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.98 
 
 		 558 aa  90.1  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  29.79 
 
 		 560 aa  89.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.84 
 
 		 556 aa  89.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  26.86 
 
 		 546 aa  88.6  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.42 
 
 		 572 aa  87.4  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  28.2 
 
 		 609 aa  86.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  26.86 
 
 		 585 aa  86.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.97 
 
 		 556 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.29 
 
 		 563 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  26.73 
 
 		 614 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2850  OmpA/MotB domain protein  21.53 
 
 		 611 aa  83.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  26.37 
 
 		 543 aa  82.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  24.67 
 
 		 506 aa  79.3  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  24.75 
 
 		 539 aa  77.4  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  22.75 
 
 		 512 aa  77  0.0000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  22.8 
 
 		 660 aa  76.3  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  24.84 
 
 		 819 aa  75.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  25.25 
 
 		 546 aa  75.1  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  26.19 
 
 		 625 aa  75.1  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  22.57 
 
 		 812 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  22.94 
 
 		 508 aa  72.8  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.99 
 
 		 550 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  27.62 
 
 		 554 aa  72  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  23.91 
 
 		 793 aa  71.6  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.93 
 
 		 538 aa  71.2  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  28.34 
 
 		 537 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  24.01 
 
 		 547 aa  66.6  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  27.76 
 
 		 745 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  25.91 
 
 		 655 aa  66.2  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  23.81 
 
 		 793 aa  64.3  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.35 
 
 		 752 aa  61.6  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  26.07 
 
 		 541 aa  60.8  0.00000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  25.79 
 
 		 482 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  19.93 
 
 		 569 aa  60.1  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  26.62 
 
 		 711 aa  60.1  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  25.79 
 
 		 482 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  25.79 
 
 		 482 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  25.79 
 
 		 482 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  25.79 
 
 		 482 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  25.79 
 
 		 482 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  24.6 
 
 		 751 aa  59.7  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0799  type II secretion system protein  29.18 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4403  type II and III secretion system protein  30.37 
 
 		 495 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  27.36 
 
 		 829 aa  59.3  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  22.98 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3908  Type II secretory pathway, component PulD  27.2 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.297112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  23.88 
 
 		 776 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  23.41 
 
 		 594 aa  58.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  25.3 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  24.52 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 		 738 aa  58.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  23.33 
 
 		 805 aa  58.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  25 
 
 		 763 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  24.23 
 
 		 460 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  25.4 
 
 		 492 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  23.93 
 
 		 581 aa  57.8  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  22.94 
 
 		 636 aa  56.6  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  24.23 
 
 		 460 aa  56.6  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.71 
 
 		 830 aa  56.6  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  20.35 
 
 		 578 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  24.71 
 
 		 559 aa  56.2  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  22.51 
 
 		 783 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  23.4 
 
 		 870 aa  56.2  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  21.97 
 
 		 740 aa  56.2  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3269  phage-related secreted protein  27.85 
 
 		 460 aa  55.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  25.53 
 
 		 630 aa  55.5  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  23.42 
 
 		 803 aa  55.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  24.34 
 
 		 780 aa  55.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  23.74 
 
 		 794 aa  54.7  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  22.22 
 
 		 805 aa  54.3  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  22.42 
 
 		 463 aa  54.3  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.96 
 
 		 574 aa  54.3  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  24.72 
 
 		 702 aa  53.9  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  21.28 
 
 		 736 aa  53.9  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  20.91 
 
 		 506 aa  53.5  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  28.21 
 
 		 474 aa  52.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 		 833 aa  52.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  23.3 
 
 		 807 aa  53.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.85 
 
 		 589 aa  52.8  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  23.62 
 
 		 751 aa  52.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>