45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4403 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4403  Type II secretory pathway component PulD-like  100 
 
 		 475 aa  980    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4402  type II and III secretion system protein  36.79 
 
 		 622 aa  282  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0408  pilus (IV) biogenesis  27.82 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00395349  hitchhiker  0.000223015 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2850  OmpA/MotB domain protein  21.54 
 
 		 611 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309028 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  22.74 
 
 		 506 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0965  Type II secretory pathway component PulD-like protein  20.16 
 
 		 510 aa  66.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  22.38 
 
 		 508 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  22.15 
 
 		 470 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  23.63 
 
 		 470 aa  62.4  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  22.15 
 
 		 470 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  22.08 
 
 		 512 aa  56.2  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.81 
 
 		 561 aa  54.3  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.97 
 
 		 561 aa  54.7  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.81 
 
 		 561 aa  54.7  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  21.09 
 
 		 463 aa  52.8  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  21.9 
 
 		 551 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  20.3 
 
 		 544 aa  51.6  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  18.65 
 
 		 578 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  21.16 
 
 		 549 aa  50.4  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  20.9 
 
 		 625 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  20.61 
 
 		 546 aa  49.3  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  20.07 
 
 		 720 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  21.23 
 
 		 558 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  20.52 
 
 		 556 aa  48.5  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  22.05 
 
 		 745 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  20.27 
 
 		 563 aa  48.5  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  20.38 
 
 		 530 aa  48.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  21.03 
 
 		 819 aa  48.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  21.07 
 
 		 559 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  20.83 
 
 		 561 aa  47  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  20.66 
 
 		 830 aa  47  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  19.65 
 
 		 562 aa  46.6  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  22.47 
 
 		 776 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  20.56 
 
 		 559 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  20.56 
 
 		 559 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.31 
 
 		 563 aa  45.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  21.45 
 
 		 829 aa  45.8  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  20 
 
 		 566 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  20.16 
 
 		 543 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  20.27 
 
 		 560 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  19.45 
 
 		 567 aa  44.7  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0861  general secretion pathway protein D  24.44 
 
 		 759 aa  44.3  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.473391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  22.65 
 
 		 554 aa  43.9  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  23.16 
 
 		 537 aa  43.5  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.53 
 
 		 556 aa  43.5  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>