More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0292 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0292  ABC transporter related  100 
 
 		 245 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3380  ABC transporter related  83.27 
 
 		 234 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0950916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2726  ABC transporter related  81.63 
 
 		 235 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.936769  normal  0.0467281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0163  ABC transporter related  75.68 
 
 		 255 aa  354  5.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1751  ABC transporter related  77.14 
 
 		 234 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5703  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.25 
 
 		 238 aa  285  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4555  ABC transporter related  59.02 
 
 		 238 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1590  ABC transporter related  59.84 
 
 		 240 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1583  ABC transporter related  59.43 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.457294  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4778  high-affinity branched-chain amino acid transport protein of the ABC transporter ATP binding  55.56 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000236786  normal  0.704554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2450  ABC transporter related  56.56 
 
 		 233 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2057  ABC transporter related  56.15 
 
 		 233 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2245  ABC transporter ATP-binding protein  55.74 
 
 		 233 aa  249  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.310243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5146  ABC transporter related  55.79 
 
 		 245 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.239082 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4010  ABC transporter related  58.02 
 
 		 233 aa  248  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4221  ABC transporter related  46.86 
 
 		 241 aa  211  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5448  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  48.13 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359118  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2456  ABC transporter related  47.74 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3131  ABC transporter related  46.47 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3456  ABC transporter related  46.94 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3479  ABC transporter related  47.5 
 
 		 238 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1048  ABC transporter related  47.13 
 
 		 236 aa  205  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3187  ABC transporter related  48.33 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.752623 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0990  ABC transporter related  44.03 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000228508 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3734  ABC transporter related  45.83 
 
 		 238 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0518377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3085  ABC transporter related  46.06 
 
 		 237 aa  202  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4658  ABC transporter related  46.91 
 
 		 236 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387595  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0790  ABC transporter-related protein  46.03 
 
 		 239 aa  201  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.166269 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2306  ABC transporter related protein  44.63 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4367  ABC transporter related  47.54 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.583666  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0652  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.42 
 
 		 238 aa  197  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.795922  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0614  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.42 
 
 		 238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2124  ABC transporter-like protein  43.62 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.684433 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2954  ABC transporter related  47.68 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4299  ABC transporter related  45.23 
 
 		 240 aa  194  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6570  ABC transporter related  41.25 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192562  normal  0.0138442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1181  ABC transporter related  44.58 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2768  ABC transporter related  43.98 
 
 		 237 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0458182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3649  ABC transporter-related protein  47.64 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0736  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45 
 
 		 234 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0210  ABC transporter related  47.44 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1161  ABC transporter related  45.49 
 
 		 240 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1795  ABC transporter related  45.08 
 
 		 240 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6571  ABC transporter related  41.67 
 
 		 233 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177691  normal  0.0408481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1660  ABC transporter related  42.26 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6088  ABC transporter related  41.67 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2562  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  41.25 
 
 		 233 aa  190  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0081  ABC transporter related  46.25 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2808  ABC transporter related  43.33 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491763  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4479  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  43.15 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00225011  hitchhiker  0.00953157 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5724  ABC transporter related  41.67 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4464  ABC transporter related  42.5 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.335127  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3639  ABC transporter related  42.92 
 
 		 233 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400597  normal  0.0302985 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3676  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  44.59 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0197  ABC transporter related  45.64 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0669  ABC-type branched-chain amino acid transport systems ATPase component  43.57 
 
 		 234 aa  188  5.999999999999999e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.488377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4218  ABC transporter related  42.26 
 
 		 234 aa  188  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.110724 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1819  ABC transporter related protein  41.56 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.527395  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0083  ABC transporter related  45.42 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0858  ABC transporter related  44.44 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.269038  normal  0.152569 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1385  ABC transporter related  43.8 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.692316  normal  0.0515657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0661  ABC transporter related  43.98 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.579097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0655  ABC transporter related  43.98 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.139364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0050  ABC transporter related  42.92 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.906419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3462  ABC transporter related  44.03 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2274  ABC transporter related  44.17 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.631731  normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4207  ABC transporter related  43.75 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.391697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2989  ABC transporter related  42.98 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4484  ABC transporter related  43.8 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0362  ABC transporter related  45 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.960542  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0296  ABC transporter related  43.85 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.280952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1208  ABC transporter related  43.15 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.430361  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4748  ABC transporter related  42.08 
 
 		 237 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.597836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4904  ABC transporter related  42.5 
 
 		 237 aa  185  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3827  ABC transporter related  42.5 
 
 		 237 aa  185  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0615  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.39 
 
 		 231 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3826  ABC transporter related  43.67 
 
 		 237 aa  184  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1618  ABC transporter related  42.5 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1400  ABC transporter related  42.21 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4818  ABC transporter related  41.84 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4047  ABC transporter related  42.39 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5131  ABC transporter related  39.92 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.138859  normal  0.0107113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  45.87 
 
 		 484 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1903  ABC transporter related  42.5 
 
 		 244 aa  181  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.638808  normal  0.412761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1585  ABC transporter related  41.25 
 
 		 237 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1333  ABC transporter related  42.5 
 
 		 237 aa  181  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.529108  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2233  ABC transporter related  42.86 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1177  ABC transporter related  44.77 
 
 		 236 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2003  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtE  44.35 
 
 		 237 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5821  ABC transporter related  42.8 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.602049  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6215  ABC transporter related  43.93 
 
 		 250 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2431  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding proteinputative  41.84 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1020  ABC transporter related  41.91 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2866  ABC transporter related  40.74 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.699047 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3709  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  40 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3170  ABC transporter-related protein  43.21 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00314839  normal  0.639262 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6727  ABC transporter related  42.39 
 
 		 233 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4002  ABC transporter related  40 
 
 		 232 aa  178  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0795353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0912  ABC transporter related  39.59 
 
 		 244 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1715  ABC transporter related  41.91 
 
 		 234 aa  178  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0199922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>