More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5448 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5448  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  100 
 
 		 235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359118  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2450  ABC transporter related  48.92 
 
 		 233 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2057  ABC transporter related  48.92 
 
 		 233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3479  ABC transporter related  46.58 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2245  ABC transporter ATP-binding protein  48.28 
 
 		 233 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.310243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5146  ABC transporter related  49.77 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.239082 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2306  ABC transporter related protein  50.67 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4221  ABC transporter related  45.3 
 
 		 241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3187  ABC transporter related  46.15 
 
 		 238 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.752623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5703  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.43 
 
 		 238 aa  210  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4778  high-affinity branched-chain amino acid transport protein of the ABC transporter ATP binding  48.48 
 
 		 233 aa  209  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000236786  normal  0.704554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4555  ABC transporter related  49.57 
 
 		 238 aa  208  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3734  ABC transporter related  46.15 
 
 		 238 aa  207  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0518377  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4010  ABC transporter related  50.43 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0197  ABC transporter related  49.78 
 
 		 234 aa  205  4e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0614  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.15 
 
 		 238 aa  205  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0652  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.15 
 
 		 238 aa  204  9e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.795922  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3208  ABC transporter related  50.23 
 
 		 231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2274  ABC transporter related  45.73 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.631731  normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1181  ABC transporter related  45.3 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0163  ABC transporter related  47.62 
 
 		 255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6570  ABC transporter related  44.35 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192562  normal  0.0138442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0292  ABC transporter related  48.13 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3380  ABC transporter related  49.13 
 
 		 234 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0950916 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2562  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  45.22 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0050  ABC transporter related  44.02 
 
 		 232 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.906419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4816  hypothetical protein  49.04 
 
 		 739 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2726  ABC transporter related  47.41 
 
 		 235 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.936769  normal  0.0467281 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4479  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP binding protein  43.91 
 
 		 234 aa  191  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00225011  hitchhiker  0.00953157 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1751  ABC transporter related  46.55 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3676  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  45.11 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1590  ABC transporter related  47.84 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1583  ABC transporter related  48.28 
 
 		 240 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.457294  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1755  ABC transporter related  46.55 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5724  ABC transporter related  44.59 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6088  ABC transporter related  44.59 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0945  ABC transporter related  42.73 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6571  ABC transporter related  44.59 
 
 		 233 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177691  normal  0.0408481 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1679  ABC transporter-like protein  45.74 
 
 		 234 aa  185  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.2537  normal  0.0768267 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0761  ABC transporter related  43.35 
 
 		 237 aa  184  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3827  ABC transporter related  43.95 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2334  ABC transporter related protein  43.95 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.486602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0225  ABC transporter related  41.99 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.633175  normal  0.041415 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4904  ABC transporter related  43.95 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  45.33 
 
 		 852 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1585  ABC transporter related  41.2 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1048  ABC transporter related  42.73 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0661  ABC transporter related  44.83 
 
 		 231 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.579097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0655  ABC transporter related  44.83 
 
 		 231 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.139364 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1020  ABC transporter related  43.83 
 
 		 240 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4464  ABC transporter related  41.23 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.335127  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0615  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  44.59 
 
 		 231 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0362  ABC transporter related  45.18 
 
 		 243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.960542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1979  ABC transporter related  43.32 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4047  ABC transporter related  47.37 
 
 		 236 aa  181  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4299  ABC transporter related  46.01 
 
 		 240 aa  181  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5326  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  44.54 
 
 		 243 aa  181  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740565  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4754  ABC transporter-related protein  43.29 
 
 		 234 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4553  ABC transporter related  46.88 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0676  ABC transporter related  45.54 
 
 		 234 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.607821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1710  ABC transporter related  45.02 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0318533 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4606  ABC transporter related  46.7 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1865  ABC transporter related  42.36 
 
 		 247 aa  180  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0083  ABC transporter related  41.88 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3290  ABC transporter related  44.16 
 
 		 232 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.116153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0179  ABC transporter related  42.31 
 
 		 233 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3456  ABC transporter related  40.09 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1048  ABC transporter related  40.52 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3295  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  44.16 
 
 		 232 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123926  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  46.92 
 
 		 484 aa  179  4e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3462  ABC transporter related  45 
 
 		 235 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0858  ABC transporter related  45.87 
 
 		 230 aa  178  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.269038  normal  0.152569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0296  ABC transporter related  41.08 
 
 		 240 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.280952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1696  ABC transporter-related protein  42.17 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0250061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1767  ABC transporter related  42.17 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.428045  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4027  ABC transporter related  43.72 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.578971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1161  ABC transporter related  42.36 
 
 		 240 aa  177  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17309  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2182  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  41.74 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4002  ABC transporter related  43.44 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0795353  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0356  ABC transporter related  42.67 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.435146 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1400  ABC transporter related  43.5 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1776  ABC transporter related  45.61 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3930  ABC transporter related  41.85 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1660  ABC transporter related  41.45 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1002  ABC transporter related  45 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4333  ABC transporter related  44.93 
 
 		 246 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.175987  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2003  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtE  44.75 
 
 		 237 aa  176  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1795  ABC transporter related  41.48 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1515  ABC transporter related  44.39 
 
 		 251 aa  176  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.274382  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  44.29 
 
 		 842 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4710  ABC transporter related protein  47.47 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4484  ABC transporter related  42.86 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1819  ABC transporter-related protein  44.1 
 
 		 247 aa  176  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5131  ABC transporter related  44.02 
 
 		 236 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.138859  normal  0.0107113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4218  ABC transporter related  41.92 
 
 		 234 aa  175  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.110724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1208  ABC transporter related  44.16 
 
 		 233 aa  175  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.430361  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3272  hypothetical protein  46.33 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0732  ABC transporter related  42.32 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1436  ABC transporter related  43.29 
 
 		 237 aa  175  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1715  ABC transporter related  44.19 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0199922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>