More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2725 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2725  putative transcription regulator protein  100 
 
 
157 aa  316  7.999999999999999e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.612085  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0877  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
159 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4510  MarR family transcriptional regulator  39.55 
 
 
150 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.88228  normal  0.825822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5627  MarR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.281141  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5248  MarR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.282441  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5336  MarR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.293186 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2751  transcriptional regulator, MarR family  35.11 
 
 
147 aa  63.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2462  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
138 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0843644  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2288  transcriptional regulator, MarR family  36.28 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.068173 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1519  transcriptional regulator, MarR family  40.18 
 
 
144 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.513004  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7275  MarR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.430156  normal  0.0802572 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  62.4  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
146 aa  61.6  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02870  transcriptional regulator  33.33 
 
 
157 aa  60.8  0.000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2070  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 
163 aa  58.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3524  transcriptional regulator, MarR family  29.25 
 
 
158 aa  58.5  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157721  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5361  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
183 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0713  transcriptional regulator, MarR family  34.82 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.174974 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5702  MarR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
142 aa  57.8  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5323  MarR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
142 aa  57.8  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5412  MarR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
142 aa  57.8  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.945092 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06409  hypothetical protein  27.27 
 
 
138 aa  57  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  40.28 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0606  MarR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
151 aa  56.2  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0747738  normal  0.0914644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3234  transcriptional regulator, MarR family  29.29 
 
 
154 aa  55.1  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255403  hitchhiker  0.00212329 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0109  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.701478  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0968  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101536  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0956  MarR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.251e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1035  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00309796  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0630  MarR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
194 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1113  transcriptional regulator, MarR family  32.99 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000014818 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4913  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
152 aa  54.7  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.582328  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0324  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 
150 aa  54.3  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.491291  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0946  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
161 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000341948  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5097  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28520  transcriptional regulator  38.24 
 
 
166 aa  54.3  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.11244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2046  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
153 aa  53.9  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3727  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
150 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3714  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
150 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3787  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
150 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.557158  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  28.33 
 
 
149 aa  53.9  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1068  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
164 aa  53.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.388349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3659  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2221  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014883  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2182  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.242743  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2527  transcriptional regulator, MarR family  27.43 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000236646  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  55.32 
 
 
144 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3332  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 
138 aa  53.5  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.610644  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1972  MarR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
146 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.195696  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1342  transcriptional regulator, MarR family  35.09 
 
 
156 aa  53.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1756  MarR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2977  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
138 aa  53.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.704241  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3655  MarR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
163 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00553213  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
143 aa  52  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
169 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0663  transcriptional regulator, MarR family  35.85 
 
 
165 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
143 aa  52  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
144 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0515  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
140 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0136032 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3485  regulatory protein MarR  31.82 
 
 
167 aa  51.6  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1297  transcriptional regulator  34.15 
 
 
174 aa  51.6  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292407  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  32.12 
 
 
147 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  32.12 
 
 
147 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2414  regulatory protein, MarR  34.19 
 
 
176 aa  50.8  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.86423  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1726  transcriptional regulator, MarR family  55.36 
 
 
144 aa  51.2  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.108071  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4274  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
146 aa  50.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6874  transcriptional regulator, MarR family  35.23 
 
 
138 aa  50.8  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0131  transcriptional regulator, MarR family  33.96 
 
 
138 aa  50.8  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2897  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
141 aa  50.4  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5147  transcriptional regulator, MarR family  38.89 
 
 
146 aa  50.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2101  MarR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
168 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  29.55 
 
 
162 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  27.62 
 
 
155 aa  50.4  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0776  transcriptional regulator, MarR family  31.31 
 
 
187 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.216692  normal  0.214261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
164 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4143  MarR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
158 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.307791  hitchhiker  0.00487322 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2373  MarR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
154 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000204338  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  25.66 
 
 
162 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1859  MarR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
154 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  30.48 
 
 
151 aa  49.7  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 
159 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4406  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 
168 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
150 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2327  MarR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2935  transcriptional regulator, MarR family  46.67 
 
 
154 aa  50.1  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00693661  hitchhiker  0.00247077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
147 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1285  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
157 aa  50.1  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  25.66 
 
 
162 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4941  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 
173 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497711  normal  0.847293 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4187  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
158 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  26.83 
 
 
155 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3377  regulatory protein, MarR  35.88 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0974589  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0263  MarR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
151 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1453  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 
143 aa  49.7  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6082  transcriptional regulator, MarR family  35.45 
 
 
167 aa  49.7  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.352412  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
164 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1028  MarR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
167 aa  49.3  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>