More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3907 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3907  chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
424 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4791  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  79.37 
 
 
434 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1313  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  73.16 
 
 
434 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1394  chemotaxis sensory transducer  40.55 
 
 
444 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.38 
 
 
675 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0391093 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4661  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.58 
 
 
440 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.75 
 
 
561 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.432423  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0969  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.89 
 
 
562 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.956339  normal  0.570918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2368  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  54.1 
 
 
561 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6483  methyl-accepting chemotaxis protein  51.25 
 
 
565 aa  249  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.877741  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4269  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer protein  51.87 
 
 
691 aa  249  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6635  methyl-accepting chemotaxis protein  51.87 
 
 
565 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.459746  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4783  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.25 
 
 
730 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.49 
 
 
563 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.24 
 
 
563 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1414  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.76 
 
 
440 aa  245  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0801097  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2241  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.61 
 
 
566 aa  245  9e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.66 
 
 
561 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0630329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2901  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.54 
 
 
674 aa  245  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.22504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0840  chemotaxis sensory transducer  54.86 
 
 
712 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.174635 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2358  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.03 
 
 
673 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.207811 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.77 
 
 
567 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3380  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.66 
 
 
567 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0994  chemotaxis sensory transducer  48.75 
 
 
656 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.357708  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0679  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.24 
 
 
565 aa  243  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0248904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1830  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.62 
 
 
563 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2905  putative methyl-accepting chemotaxis protein  52.24 
 
 
542 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234112  normal  0.211145 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0667  chemotaxis sensory transducer  53.87 
 
 
565 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.510632  normal  0.195802 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3907  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.77 
 
 
565 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2025  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.29 
 
 
688 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0110809  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3616  chemotaxis sensory transducer  52.77 
 
 
305 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460138  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.66 
 
 
730 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0177086  normal  0.260794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0383  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.22 
 
 
559 aa  239  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.50218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0995  chemotaxis sensory transducer  48.75 
 
 
656 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.880627  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2484  chemotaxis sensory transducer  51.77 
 
 
563 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0330  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  52.14 
 
 
676 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0869057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4271  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.66 
 
 
567 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2250  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.66 
 
 
670 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3598  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.64 
 
 
672 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2367  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  54.1 
 
 
562 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3563  chemotaxis sensory transducer  52.83 
 
 
563 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0192  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.49 
 
 
688 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.71 
 
 
563 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4561  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.4 
 
 
711 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3547  chemotaxis sensory transducer  52.99 
 
 
566 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.9 
 
 
441 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3161  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.18 
 
 
731 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.072786  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3107  chemotaxis sensory transducer  50.18 
 
 
674 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0664997 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1293  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.53 
 
 
562 aa  236  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00511002  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2906  putative methyl-accepting chemotaxis protein  53.14 
 
 
564 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  0.106702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1857  chemotaxis sensory transducer  51.87 
 
 
563 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7508  putative methyl-accepting chemotaxis protein (with a HAMP region)  51.66 
 
 
552 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.692825  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2742  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.25 
 
 
560 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3379  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  56.49 
 
 
587 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.787169  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1918  chemotaxis sensory transducer  41.71 
 
 
688 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.537222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2907  putative methyl-accepting chemotaxis protein  51.62 
 
 
556 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal  0.0729634 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3545  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.12 
 
 
689 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.457552  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4101  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.4 
 
 
698 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0065  chemotaxis sensory transducer  50.18 
 
 
688 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0714339 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3147  chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
561 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0908078  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2904  putative methyl-accepting chemotaxis protein  50.92 
 
 
568 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481458  normal  0.283558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3471  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
561 aa  233  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.130295  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3824  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
561 aa  233  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4407  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.82 
 
 
566 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.365939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2465  chemotaxis sensory transducer  49.29 
 
 
561 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5909  normal  0.697276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.12 
 
 
566 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.18 
 
 
563 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1197  chemotaxis sensory transducer  51.49 
 
 
688 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3465  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.31 
 
 
419 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1840  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.25 
 
 
561 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6717  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.46 
 
 
741 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447835  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0061  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.4 
 
 
674 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5110  hypothetical protein  56.03 
 
 
688 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.791751 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.18 
 
 
561 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0323515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.87 
 
 
563 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4147  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.77 
 
 
694 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5172  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.57 
 
 
656 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1909  chemotaxis sensory transducer  50.92 
 
 
965 aa  229  9e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.11776  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1160  chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
559 aa  229  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2078  chemotaxis sensory transducer  52.92 
 
 
561 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2903  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  56.47 
 
 
568 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.335645  normal  0.0996392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.37 
 
 
691 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00184965  normal  0.0777916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3610  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.49 
 
 
563 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2076  chemotaxis sensory transducer  50.18 
 
 
561 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.723039  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.77 
 
 
560 aa  227  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2900  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer (chemoreceptor)  48.6 
 
 
675 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142675  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0924  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.7 
 
 
712 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.991242  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0497  chemotaxis sensory transducer  50.55 
 
 
577 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0223  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
565 aa  227  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0885  putative methyl-accepting chemotaxis protein  50 
 
 
691 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1408  chemotaxis sensory transducer  51.92 
 
 
568 aa  227  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.591131  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0779  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  50.33 
 
 
558 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0546434  normal  0.151916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0153  chemotaxis sensory transducer  53.88 
 
 
602 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2846  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.08 
 
 
565 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430745  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0134  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
565 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  39.23 
 
 
714 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.63 
 
 
573 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.610641  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3344  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.4 
 
 
561 aa  226  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.828703  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4527  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.63 
 
 
667 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0191  chemotaxis sensory transducer  53.51 
 
 
565 aa  226  7e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.731843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>