137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2922 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  100 
 
 		 295 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  76.07 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  68.09 
 
 		 288 aa  355  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  68.85 
 
 		 296 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  60.63 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  61.9 
 
 		 269 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  59.11 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  60.7 
 
 		 279 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  58.73 
 
 		 279 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  56.92 
 
 		 272 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  38.24 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.19 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  34.36 
 
 		 277 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  34.35 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  37.7 
 
 		 285 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  34.4 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  33.87 
 
 		 281 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.16 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.16 
 
 		 279 aa  132  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  33.76 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  33.33 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 278 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  35.48 
 
 		 278 aa  129  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  31.5 
 
 		 285 aa  125  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  32.03 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  33.47 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  34.09 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  32.77 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  32.99 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 352 aa  72.4  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  27.23 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 357 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  25.22 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 362 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  26.6 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  23.94 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.1 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.93 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  24.3 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 391 aa  60.5  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  27.27 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  27 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 355 aa  55.8  0.0000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.45 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  22.8 
 
 		 367 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 303 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  21.72 
 
 		 379 aa  53.1  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  23.3 
 
 		 297 aa  53.1  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 404 aa  53.1  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 302 aa  52.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  28.73 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  33.12 
 
 		 282 aa  52.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  31.61 
 
 		 379 aa  52.8  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  24.56 
 
 		 274 aa  52.4  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  25.08 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.39 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 360 aa  51.6  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  22.6 
 
 		 406 aa  50.8  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  27.54 
 
 		 355 aa  50.4  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.6 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  22.92 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  21.2 
 
 		 341 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  24 
 
 		 400 aa  50.8  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.43 
 
 		 309 aa  49.7  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 351 aa  49.7  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.84 
 
 		 305 aa  49.3  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  22.59 
 
 		 293 aa  49.7  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 311 aa  49.3  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  23.04 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.04 
 
 		 254 aa  47.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.44 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  24.08 
 
 		 326 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.96 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  22.71 
 
 		 335 aa  47.4  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 263 aa  47.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  22.13 
 
 		 318 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1608  periplasmic binding protein  25.2 
 
 		 346 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0163277  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 360 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 364 aa  47  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 335 aa  46.6  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  25 
 
 		 304 aa  46.6  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  24.28 
 
 		 278 aa  46.2  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.95 
 
 		 293 aa  45.8  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 354 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  21.39 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  21.39 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  27.33 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>