184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1383 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  100 
 
 		 272 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  78.16 
 
 		 286 aa  411  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  78.54 
 
 		 286 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  49.43 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  49.43 
 
 		 278 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  48.73 
 
 		 279 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  47.88 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  46.61 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  47.15 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  42.21 
 
 		 285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  38.52 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  39.83 
 
 		 281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  37.1 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  33.73 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  40.49 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  37.18 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  33.47 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  36.02 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  32.03 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  37.6 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 285 aa  119  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  34.41 
 
 		 317 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  31.45 
 
 		 310 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 269 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  32.58 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  34.56 
 
 		 297 aa  95.1  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  27.05 
 
 		 335 aa  90.9  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  30.91 
 
 		 352 aa  89.7  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.25 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  24.69 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.16 
 
 		 270 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  29.05 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  22.22 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.15 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  29.69 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  23.71 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  22.98 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.74 
 
 		 379 aa  62.4  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 333 aa  62.4  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.89 
 
 		 483 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.02 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  28.02 
 
 		 517 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  22.02 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  25.85 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 369 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  28.4 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  27.32 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  30.35 
 
 		 385 aa  55.8  0.0000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 327 aa  55.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 276 aa  53.9  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  20.18 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1675  hypothetical protein  29.87 
 
 		 368 aa  53.5  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.98 
 
 		 275 aa  53.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  25.42 
 
 		 317 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 294 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  24.16 
 
 		 303 aa  52.8  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  32.35 
 
 		 353 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  30.82 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  30 
 
 		 307 aa  52.4  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  20.59 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  20.59 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  20.38 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  32.11 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 389 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 322 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  29.38 
 
 		 389 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 350 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  29.75 
 
 		 381 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.5 
 
 		 293 aa  50.1  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1426  iron(III) ABC transporter, iron(III)-binding protein  24.17 
 
 		 332 aa  50.1  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0283487  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 304 aa  50.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 311 aa  50.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  24.87 
 
 		 350 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 350 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  24.47 
 
 		 350 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  21.48 
 
 		 338 aa  49.3  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 312 aa  49.7  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  24.6 
 
 		 349 aa  49.3  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 299 aa  48.9  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>