75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0509 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  44.06 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  42.49 
 
 		 278 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  43.1 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  42.68 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  40.49 
 
 		 272 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  33.57 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  35.58 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  35.06 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.15 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.29 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  34.66 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  34.55 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  34.09 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 279 aa  102  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  34.06 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  34.9 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  36 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  33.18 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  31.78 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  29.82 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  30.52 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  26.79 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  31.48 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  33.48 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 352 aa  62.4  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  26.14 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  24 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 406 aa  56.2  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  24.11 
 
 		 276 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  26.7 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  34.9 
 
 		 335 aa  52.4  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  43.21 
 
 		 346 aa  52.4  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.28 
 
 		 318 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.49 
 
 		 270 aa  51.6  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  30.87 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  31.28 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  21.98 
 
 		 316 aa  49.3  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 354 aa  48.5  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  20.35 
 
 		 315 aa  47.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 318 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  32.48 
 
 		 380 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.87 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0300  periplasmic binding protein  30.17 
 
 		 301 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 304 aa  45.8  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  24.73 
 
 		 323 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  29.93 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 289 aa  44.3  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  20.3 
 
 		 333 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  37.8 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2670  periplasmic binding protein  23.27 
 
 		 272 aa  43.9  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 316 aa  43.5  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 305 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  26.49 
 
 		 329 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  24.43 
 
 		 276 aa  43.5  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  19.47 
 
 		 315 aa  43.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  22.76 
 
 		 339 aa  43.1  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  39.19 
 
 		 283 aa  43.1  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  37.66 
 
 		 303 aa  43.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  36.11 
 
 		 394 aa  42.7  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  30 
 
 		 296 aa  42.4  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 377 aa  42.4  0.01  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.16 
 
 		 311 aa  42.4  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>