158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4256 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  100 
 
 		 288 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  67.54 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  68.09 
 
 		 295 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  70.11 
 
 		 296 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  63.14 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  58.99 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  58.85 
 
 		 279 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  58.4 
 
 		 269 aa  292  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  58 
 
 		 279 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  59.36 
 
 		 272 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  36.98 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  37.1 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  35.69 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  36.29 
 
 		 286 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  34.9 
 
 		 277 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  36.29 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  35.18 
 
 		 281 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  36.69 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.17 
 
 		 271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  35.85 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  37.6 
 
 		 272 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.34 
 
 		 279 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.16 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  37.74 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  33.89 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  33.88 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  34.75 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  35.65 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  33.74 
 
 		 317 aa  102  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  37.06 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  26.99 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  25.71 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  31.19 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  28.92 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  25.74 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  28.35 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  22.12 
 
 		 379 aa  62.4  0.000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  31.28 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  25 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  28.69 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.88 
 
 		 335 aa  58.9  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.53 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  30.63 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  26.21 
 
 		 404 aa  55.5  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 400 aa  54.7  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 351 aa  54.7  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 406 aa  53.9  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  27.89 
 
 		 360 aa  53.1  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 318 aa  53.5  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.88 
 
 		 331 aa  53.5  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 335 aa  53.1  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 318 aa  53.1  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  25.33 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.64 
 
 		 305 aa  52.4  0.000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 274 aa  52.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 278 aa  52.4  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 317 aa  52  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 275 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.03 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.64 
 
 		 305 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.96 
 
 		 483 aa  50.4  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  24.27 
 
 		 322 aa  50.4  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 339 aa  50.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2249  periplasmic binding protein  26.26 
 
 		 313 aa  50.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.684393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  27.96 
 
 		 271 aa  50.4  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  25 
 
 		 274 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25 
 
 		 276 aa  49.7  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  20.2 
 
 		 318 aa  49.3  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 296 aa  49.3  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 318 aa  49.3  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  23.08 
 
 		 294 aa  48.9  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  29.03 
 
 		 379 aa  48.9  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.92 
 
 		 478 aa  48.9  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  25 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 361 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  23.21 
 
 		 294 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  22.73 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 269 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 288 aa  47  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  31.93 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  26.51 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  26.99 
 
 		 373 aa  47.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>