91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0791 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  100 
 
 		 269 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  75.68 
 
 		 279 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  74.7 
 
 		 279 aa  361  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  64.75 
 
 		 299 aa  342  5e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  61.09 
 
 		 299 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  60.37 
 
 		 295 aa  314  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  58.09 
 
 		 310 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  60.69 
 
 		 272 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  56.93 
 
 		 288 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  54.26 
 
 		 296 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  37.25 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  35.45 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  36.65 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  36.08 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  34.98 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  36.58 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  35.43 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.57 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  36.44 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  34.57 
 
 		 279 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  35.83 
 
 		 278 aa  128  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  34.01 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  33.46 
 
 		 286 aa  126  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  32.78 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  35.89 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  31.18 
 
 		 272 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  32.5 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  29.79 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.75 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.5 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  31.22 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  27.48 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  22.43 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 362 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  25.18 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  24.82 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  26.21 
 
 		 355 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  20.69 
 
 		 391 aa  53.9  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.57 
 
 		 293 aa  53.1  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  23.65 
 
 		 305 aa  51.6  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  26.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 333 aa  49.7  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  23.65 
 
 		 305 aa  49.3  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  21.29 
 
 		 315 aa  49.3  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  23.22 
 
 		 290 aa  48.1  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1928  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 307 aa  48.5  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.967613  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 354 aa  48.5  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.25 
 
 		 335 aa  48.5  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  24.2 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 346 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  21.76 
 
 		 379 aa  46.6  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  27.51 
 
 		 283 aa  46.2  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  19.91 
 
 		 295 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  19.91 
 
 		 295 aa  46.2  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 377 aa  45.8  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 297 aa  45.8  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2480  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 350 aa  45.4  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.388226 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 361 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  20 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  24.2 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.35 
 
 		 483 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  24.78 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1763  hemin-binding periplasmic protein HmuT  21.5 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  23.9 
 
 		 318 aa  43.9  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  23.86 
 
 		 385 aa  43.9  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 360 aa  43.9  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  20.3 
 
 		 315 aa  43.9  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  25.86 
 
 		 303 aa  43.9  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.45 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  22.86 
 
 		 335 aa  43.1  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  20.41 
 
 		 367 aa  43.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1428  periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 335 aa  43.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436004  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  19.82 
 
 		 295 aa  42.7  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  28.17 
 
 		 297 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  21.91 
 
 		 341 aa  42.4  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  27.24 
 
 		 326 aa  42.7  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  22.99 
 
 		 271 aa  42.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  24.75 
 
 		 355 aa  42.4  0.009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  22.45 
 
 		 360 aa  42.4  0.009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  24.89 
 
 		 326 aa  42.4  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 360 aa  42  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 312 aa  42.4  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>