98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0734 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  100 
 
 		 279 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  78.14 
 
 		 279 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  74.7 
 
 		 269 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  64.09 
 
 		 299 aa  341  7e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  60.37 
 
 		 299 aa  328  8e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  56.83 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  66.92 
 
 		 272 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  58.75 
 
 		 295 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  56.57 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  53.97 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.56 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  36.15 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  35.25 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  34.75 
 
 		 277 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  34.57 
 
 		 281 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  33.59 
 
 		 278 aa  131  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  35.02 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  36.55 
 
 		 279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  36.55 
 
 		 279 aa  128  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  35.71 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 285 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  36.13 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  32.06 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  31.97 
 
 		 286 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 272 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  35.04 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  31.47 
 
 		 302 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 290 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.64 
 
 		 293 aa  62  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  28.62 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.99 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  25.35 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  26.6 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  24.8 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.63 
 
 		 352 aa  55.8  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 400 aa  54.3  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  23.47 
 
 		 367 aa  54.3  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 406 aa  53.5  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  27.32 
 
 		 362 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 303 aa  53.5  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 315 aa  52.4  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 331 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 289 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.18 
 
 		 354 aa  50.8  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 357 aa  50.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 343 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 343 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 308 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  21.46 
 
 		 335 aa  49.3  0.00008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 377 aa  48.9  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  27.09 
 
 		 326 aa  48.5  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 299 aa  47.4  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 297 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  21 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  28.44 
 
 		 302 aa  47.4  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  26.83 
 
 		 355 aa  47.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  21.61 
 
 		 315 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 294 aa  46.6  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  26.82 
 
 		 361 aa  46.6  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 304 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  22.37 
 
 		 290 aa  46.6  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  25.43 
 
 		 323 aa  46.2  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  21.05 
 
 		 391 aa  45.8  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  22.86 
 
 		 305 aa  45.8  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  21.05 
 
 		 316 aa  45.8  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  27.24 
 
 		 314 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  21.53 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 341 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  25 
 
 		 404 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.89 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  24.36 
 
 		 360 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  23.25 
 
 		 312 aa  44.3  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  21.08 
 
 		 295 aa  43.5  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 373 aa  43.9  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1928  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.967613  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  21.08 
 
 		 295 aa  43.5  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  24.65 
 
 		 309 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.34 
 
 		 483 aa  43.5  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.86 
 
 		 305 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  23.12 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  32.12 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 294 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 368 aa  42.4  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  26.25 
 
 		 370 aa  42.4  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  25.57 
 
 		 263 aa  42.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  25 
 
 		 335 aa  42.4  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>