187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2928 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  100 
 
 		 277 aa  534  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  94.36 
 
 		 277 aa  487  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  78.29 
 
 		 277 aa  386  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  78.74 
 
 		 281 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  63.9 
 
 		 290 aa  271  6e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  38.89 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  38.89 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  39.36 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  37.1 
 
 		 272 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.48 
 
 		 279 aa  155  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.48 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  39.77 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  34.17 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.83 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  34.19 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  36.73 
 
 		 285 aa  145  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  37.31 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  35.08 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  35.51 
 
 		 269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  34.12 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  33.96 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  33.81 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 279 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  34.9 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  35.34 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  31.87 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  34.94 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  34.66 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  31.35 
 
 		 272 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35 
 
 		 270 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  32.53 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 333 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.27 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  32.88 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  23.7 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.03 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  25.67 
 
 		 517 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  25.25 
 
 		 335 aa  75.5  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.73 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.64 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  27.63 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  22.81 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 377 aa  66.2  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  21.67 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 339 aa  65.5  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  23.53 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 346 aa  64.3  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.14 
 
 		 483 aa  63.5  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 400 aa  62.4  0.000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.17 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  24.63 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  21.76 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  22.01 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.66 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  29.36 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  29.01 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.22 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 362 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1763  hemin-binding periplasmic protein HmuT  25.13 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  30.79 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  25.1 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  23.53 
 
 		 354 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 289 aa  54.7  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  30.5 
 
 		 326 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  28.68 
 
 		 283 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  25.84 
 
 		 333 aa  53.9  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  23.18 
 
 		 354 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  26.77 
 
 		 321 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  24.44 
 
 		 350 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1967  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 358 aa  52.8  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.492481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  25 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0561  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  29.13 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 303 aa  52.4  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 357 aa  52.8  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  33.53 
 
 		 317 aa  52.4  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  26.07 
 
 		 308 aa  52  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  21.67 
 
 		 359 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0038  periplasmic binding protein  23.9 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000039007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>