175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1066 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  100 
 
 		 286 aa  557  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  99.65 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  78.31 
 
 		 272 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  52.77 
 
 		 278 aa  255  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  51.11 
 
 		 286 aa  255  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  47.49 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  48.22 
 
 		 279 aa  222  6e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  50.38 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  46.69 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  43.11 
 
 		 285 aa  199  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  39.62 
 
 		 277 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  39.25 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  38.82 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  39.43 
 
 		 281 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  38.55 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  43.14 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  34.59 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  35.8 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  35.98 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  34.8 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  34.04 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  37.45 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  36.76 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 317 aa  122  9e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  31.92 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  32.92 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 272 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 279 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  32.92 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  27.36 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  32.3 
 
 		 352 aa  92.4  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 333 aa  87  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.88 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.68 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  35.18 
 
 		 377 aa  75.5  0.0000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25.58 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.91 
 
 		 483 aa  67  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  22.36 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.44 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  21.86 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  22.48 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  22.98 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  25.12 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  22.13 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  30.1 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  31.51 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 333 aa  57.4  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  23.45 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  24.07 
 
 		 319 aa  57  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  26.2 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  24.75 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0592  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  24.43 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  21.18 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  21.18 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  26.87 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.42 
 
 		 517 aa  52.8  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3605  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 400 aa  53.1  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  24.27 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  21.81 
 
 		 341 aa  52.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.42 
 
 		 356 aa  52.8  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  25.68 
 
 		 303 aa  52.4  0.000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.5 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 340 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 375 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  27.81 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 363 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  32.88 
 
 		 349 aa  50.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  23.36 
 
 		 351 aa  51.2  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 317 aa  50.4  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  19.81 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  24.67 
 
 		 272 aa  50.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  28.11 
 
 		 375 aa  50.4  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 307 aa  50.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 299 aa  49.3  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21280  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.09 
 
 		 336 aa  49.3  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  27 
 
 		 294 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 362 aa  48.9  0.00009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>