172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1367 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  100 
 
 		 286 aa  578  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  62.95 
 
 		 278 aa  334  7.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  49.43 
 
 		 272 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  50.79 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  50.6 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  45.21 
 
 		 279 aa  219  6e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  44.83 
 
 		 279 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  46.95 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  44.02 
 
 		 279 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  42.47 
 
 		 285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  40.89 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  40.96 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  44.06 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  39.36 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  39.36 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  39.83 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  35.27 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  33.67 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  34.35 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  35.66 
 
 		 278 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  37.1 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  33.86 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  32.59 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  32.5 
 
 		 269 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  34.73 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  32.54 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  34.84 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  33.6 
 
 		 285 aa  106  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  33.2 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  31.28 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.48 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  31.8 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  26.83 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.41 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 352 aa  72.4  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 391 aa  70.1  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  23.73 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1830  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.9 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.99 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.35 
 
 		 331 aa  62  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  32.73 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  23.57 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  27.41 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  28.11 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  24.06 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0585  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.62 
 
 		 311 aa  55.8  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 353 aa  55.8  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 369 aa  55.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0632  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  26.37 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.57 
 
 		 356 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  29.67 
 
 		 483 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  21.62 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  25.19 
 
 		 517 aa  54.3  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.02 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 319 aa  52.8  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  27.21 
 
 		 367 aa  52.4  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  22.38 
 
 		 339 aa  52.4  0.000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1789  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  24.51 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  21.32 
 
 		 279 aa  52  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.26 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  22.68 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  22.68 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  25.11 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 333 aa  50.4  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.94 
 
 		 372 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1763  hemin-binding periplasmic protein HmuT  25.89 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1604  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein, putative  24.51 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1972  putative hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  25 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  19.61 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  28.12 
 
 		 353 aa  50.1  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 294 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  24.26 
 
 		 274 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.74 
 
 		 300 aa  49.7  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3324  periplasmic binding protein  23.94 
 
 		 328 aa  49.3  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0952103  normal  0.99567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 378 aa  49.3  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 372 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.79 
 
 		 359 aa  48.9  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  32.34 
 
 		 375 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  22.15 
 
 		 289 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  31.78 
 
 		 270 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  23.33 
 
 		 355 aa  48.5  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0149  periplasmic binding protein  21.4 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  29.55 
 
 		 290 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0880  corrinoid ABC transporter substrate-binding protein  26.47 
 
 		 385 aa  48.1  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  27.64 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.22 
 
 		 335 aa  47.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 378 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.67 
 
 		 478 aa  47.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>