More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3040 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  87.17 
 
 		 373 aa  691    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  97.07 
 
 		 375 aa  758    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  84.76 
 
 		 373 aa  674    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  100 
 
 		 375 aa  774    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  58.87 
 
 		 377 aa  461  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  57.7 
 
 		 406 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  56.2 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  48.66 
 
 		 378 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  48.39 
 
 		 378 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  48.5 
 
 		 383 aa  358  8e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  43.58 
 
 		 386 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  43.75 
 
 		 383 aa  351  1e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 389 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.52 
 
 		 389 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  34.52 
 
 		 381 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  35.71 
 
 		 371 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  35.84 
 
 		 383 aa  265  8e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 377 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  35.16 
 
 		 370 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.97 
 
 		 401 aa  249  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  36.54 
 
 		 370 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  33.71 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  36.68 
 
 		 367 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  31.1 
 
 		 371 aa  237  3e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  35.16 
 
 		 427 aa  233  5e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  31.78 
 
 		 394 aa  232  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  32.56 
 
 		 366 aa  230  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.56 
 
 		 366 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 369 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 366 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.38 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 380 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  32.28 
 
 		 368 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  30.62 
 
 		 384 aa  212  7.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  31.29 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 372 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  29.89 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  29.05 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 365 aa  199  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  31.44 
 
 		 364 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  26.36 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.88 
 
 		 429 aa  184  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  30.25 
 
 		 365 aa  182  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  30.06 
 
 		 360 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 407 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  29.09 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  27.45 
 
 		 392 aa  151  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 363 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  26.32 
 
 		 363 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  24.38 
 
 		 517 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 380 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.67 
 
 		 478 aa  100  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  27.82 
 
 		 362 aa  98.2  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.8 
 
 		 483 aa  96.3  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 390 aa  93.6  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  24.44 
 
 		 359 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.77 
 
 		 375 aa  90.5  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  25 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 354 aa  86.7  6e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  24.87 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  22.79 
 
 		 354 aa  82.8  0.000000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 381 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.61 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  27.88 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  26.05 
 
 		 409 aa  79  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  28.43 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  24.52 
 
 		 353 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  24.55 
 
 		 344 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  28.14 
 
 		 331 aa  78.2  0.0000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 396 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  26.76 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 688 aa  77  0.0000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  26.7 
 
 		 689 aa  76.6  0.0000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.68 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  24.4 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 363 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  25.94 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  23.88 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.12 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  23.54 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  26.24 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.34 
 
 		 353 aa  72.8  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0494  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0203786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  23.76 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 402 aa  72.4  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  22.25 
 
 		 372 aa  72.4  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  23.56 
 
 		 362 aa  72  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  23.12 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>