122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0259 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  100 
 
 		 290 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  50.79 
 
 		 285 aa  222  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  38.24 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  36.19 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  35.07 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  39.29 
 
 		 272 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  36.86 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  34.92 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  36.98 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  35.61 
 
 		 279 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 269 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  35.89 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  37.82 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  36.61 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  34.41 
 
 		 277 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  33.74 
 
 		 286 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  33.74 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  32.68 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  33.61 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  35.25 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  31.85 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  36.17 
 
 		 317 aa  115  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  29.89 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  32.08 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  29.27 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  30.1 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  31.68 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.79 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.93 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.57 
 
 		 341 aa  65.1  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  24.73 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  25 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  21.05 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  21.79 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  28.99 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.15 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  23.72 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  26.26 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  26.48 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  25.27 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.12 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  30.63 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  27.36 
 
 		 311 aa  55.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  25.72 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  23.25 
 
 		 367 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  28.14 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  23.19 
 
 		 318 aa  51.6  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 321 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  25.23 
 
 		 268 aa  49.7  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  27.32 
 
 		 314 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 271 aa  49.3  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 302 aa  49.3  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 316 aa  49.3  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  30.21 
 
 		 380 aa  48.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.34 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 292 aa  47.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  32.07 
 
 		 363 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  23.95 
 
 		 294 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  25.34 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0648  hemin-binding periplasmic protein HmuT  21.63 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  25.34 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 279 aa  46.6  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 297 aa  46.6  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0798  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 306 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 316 aa  45.8  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  29.11 
 
 		 353 aa  45.8  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2582  periplasmic binding protein  24.91 
 
 		 339 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  23.16 
 
 		 290 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  26.42 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  25.37 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.41 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3882  periplasmic binding protein  24.1 
 
 		 326 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  30.94 
 
 		 304 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>