219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4383 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4383  periplasmic binding protein  100 
 
 		 278 aa  538  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1367  periplasmic binding protein  62.95 
 
 		 286 aa  334  7e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1066  periplasmic binding protein  52.78 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2403  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic substrate-binding subunit  52.78 
 
 		 286 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1383  periplasmic binding protein  49.43 
 
 		 272 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0803202 
 
 
-
 
NC_004310  BR1346  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  48.83 
 
 		 279 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1305  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  48.83 
 
 		 279 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0489  periplasmic binding protein  47.71 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.279371  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1827  periplasmic binding protein  46.85 
 
 		 279 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2064  periplasmic binding protein  40.15 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895958  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6078  periplasmic binding protein  37.64 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.716355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0509  periplasmic binding protein  42.49 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50546 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3153  periplasmic binding protein  40.62 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3806  periplasmic binding protein  38.62 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2928  periplasmic binding protein  39.77 
 
 		 277 aa  152  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1340  putative ferrichrome binding protein of ABC transporter  38.97 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.40486  normal  0.404265 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2371  periplasmic binding protein  34.88 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2738  periplasmic binding protein  37.66 
 
 		 271 aa  135  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0534009  normal  0.0855423 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3728  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2922  periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.154737  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  33.07 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.759079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4256  periplasmic binding protein  36.69 
 
 		 288 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.527831 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0791  periplasmic binding protein  35.22 
 
 		 269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0870477  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0259  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474938  normal  0.0661567 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5677  periplasmic binding protein  37.92 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3279  periplasmic binding protein  35.77 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0632  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1187  periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1003  periplasmic binding protein  35.04 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0533544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0734  periplasmic binding protein  35.08 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0087  periplasmic binding protein  34.85 
 
 		 272 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3341  Fe ABC transporter  27.83 
 
 		 335 aa  87  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1074  putative iron transporterer, plasmic binding protein  28.52 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.738523  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1944  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  21.65 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3090  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.76 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  29.88 
 
 		 483 aa  71.2  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  30.39 
 
 		 478 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3204  periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 333 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.61 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  22.61 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  27.75 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  25.14 
 
 		 339 aa  62.4  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1896  periplasmic binding protein  22.76 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.94 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1837  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1213  periplasmic binding protein  27.37 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.53 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  24.51 
 
 		 406 aa  59.7  0.00000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  25.97 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1991  periplasmic binding protein  27.98 
 
 		 377 aa  57  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0967  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.22 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  28.65 
 
 		 365 aa  55.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  31.02 
 
 		 296 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  22.77 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 361 aa  55.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 350 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  25.34 
 
 		 312 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  22.87 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2791  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 377 aa  53.5  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  28.73 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 354 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  21.49 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  24.77 
 
 		 329 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 289 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2513  iron compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.06 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  24.62 
 
 		 404 aa  53.1  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  28.73 
 
 		 294 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 274 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  24.9 
 
 		 303 aa  52.8  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  25.88 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  25.49 
 
 		 350 aa  52.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  25.49 
 
 		 350 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0448  periplasmic binding protein  28.06 
 
 		 369 aa  52  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  29.81 
 
 		 356 aa  51.6  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  38.21 
 
 		 382 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  30.3 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  28.11 
 
 		 517 aa  52  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  26.87 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  26.05 
 
 		 297 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  25.98 
 
 		 354 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  27.51 
 
 		 302 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  30 
 
 		 353 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  24.62 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  26.21 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  26.34 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  23.98 
 
 		 384 aa  50.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 305 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 305 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  27 
 
 		 316 aa  50.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 303 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  26 
 
 		 312 aa  49.7  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0464  ABC-type transport system, periplasmic component  25.85 
 
 		 367 aa  49.3  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>